tcgautils

doi:10.18129/b9.bioc.tcgautils

该包适用于生物导体的3.9版;对于稳定的最新版本,请参阅tcgautils

TCGA实用程序用于数据管理

生物导体版本:3.9

一套用于检查和操纵TCGA数据的辅助函数,包括从策展tcgadata实验软件包中获得的数据。这些功能旨在简化并使使用TCGA数据更易于管理。

作者:Marcel Ramos [AUT,CRE],Lucas Schiffer [AUT],Sean Davis [CTB],Levi Waldron [AUT]

维护者:Marcel Ramos

引用(从r内,输入引用(“ Tcgautils”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.6”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ tcgautils”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“ Tcgautils”)

html R脚本 Tcgautils Essentials
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 预处理,,,,软件,,,,工作流程
版本 1.4.0
在生物导体中 Bioc 3.7(R-3.5)(1。5年)
执照 艺术2.0
要看 R(> = 3.6.0)
进口 AnnotationDbi,,,,生物基因,,,,GenomeInfodB,,,,GenomicFeatures,,,,基因组机,,,,GenomicDataCommons,,,,iranges, 方法,多亚sayExexperiment,,,,破烂的经历(> = 1.5.7),rvest,,,,S4VECTORS,统计Stringr,,,,总结性特征,utils,XML2
链接
建议 Biocfilecache,,,,生物使用,,,,策展,,,,DevTools,,,,dplyr,,,,Illuminahumanmethylation450Kanno.ILMN12.HG19,,,,,,,,尼特,,,,马格里特,,,,Minfi,,,,mirbase.db,,,,org.hs.eg.db,,,,readr,,,,rtcgatoolbox(> = 2.7.5),rtracklayer,,,,r.utils,,,,测试,,,,txdb.hsapiens.ucsc.hg19
系统要求
增强
URL
BugReports https://github.com/waldronlab/tcgautils/issues
取决于我
进口我 rtcgatoolbox
建议我 cnvranger,,,,策展,,,,Glmsparsenet
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 tcgautils_1.4.0.tar.gz
Windows二进制 tcgautils_1.4.0.zip
Mac OS X 10.11(El Capitan) tcgautils_1.4.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/tcgautils
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/tcgautils
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/tcgautils/
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