TCGAbiolinks

DOI:10.18129 / B9.bioc.TCGAbiolinks

这个包是3.9版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅TCGAbiolinks。

TCGAbiolinks: R / Bioconductor包与环球数码创意数据进行综合分析

Bioconductor版本:3.9

TCGAbiolinks的目的是:我)环球数码创意开放获取数据检索方便,2)使用适当的准备数据预处理策略,3)提供的方法进行不同标准的分析和iv)很容易繁殖早期的研究结果。详细,包提供了多种方法进行分析(如微分表达式的分析,识别差异甲基化区域)和可视化的方法(例如,生存的阴谋,火山情节,亮光情节)为了方便开发完整的分析管道。

作者:安东尼奥Colaprico蒂亚戈Chedraoui Silva Catharina奥尔森,卢西亚诺Garofano,大卫。Garolini,克劳迪娅静脉,泰国人Sabedot, Tathiane马耳他、斯特凡诺·m·Pagnotta伊莎贝拉Castiglioni米歇尔,切Houtan Noushmehr蒋禄卡波特米

维修工:安东尼奥Colaprico < axc1833 med.miami.edu >,蒂亚戈Chedraoui席尔瓦< tiagochst在usp.br >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“TCGAbiolinks”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“TCGAbiolinks”)

HTML	R脚本	1。介绍
HTML	R脚本	10。TCGAbiolinks_Extension
HTML	R脚本	2。环球数码创意数据库搜索
HTML	R脚本	3所示。下载和准备文件进行分析
HTML	R脚本	4所示。临床数据
HTML	R脚本	5。突变的数据
HTML	R脚本	6。编译TCGA的分子亚型
HTML	R脚本	7所示。TCGA分析和可视化数据
HTML	R脚本	8。案例研究
HTML	R脚本	9。图形用户界面(GUI)
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DNAMethylation,DifferentialExpression,DifferentialMethylation,GeneExpression,GeneRegulation,MethylationArray,网络,通路,测序,软件,生存
版本	2.12.6
Bioconductor自	BioC 3.2 (r - 3.2)(4年)
许可证	GPL (> = 3)
取决于	R (> = 3.5)
进口	下载器(> = 0.4),survminergrDevices,dplyr,gridExtra、图形、宠物猫、网格GenomicRanges,XML(> = 3.98.0),data.table,EDASeq(> = 2.0.0),刨边机(> = 3.0.0),jsonlite(> = 1.0.0),plyr,knitr、方法、biomaRt,ggplot2,ggthemes,生存,stringr(> = 1.0.0),IRanges,尺度,房车(> = 0.3.0)统计,跑龙套,selectr,S4Vectors,ComplexHeatmap(> = 1.10.2),R.utils,SummarizedExperiment(> = 1.4.0),genefilter,ConsensusClusterPlus,readr,RColorBrewer,doParallel,GenomeInfoDb,GenomicFeatures、平行、工具tidyr,股东价值分析,limma,purrr,xml2,httr(> = 1.2.1),matlab,circlize,ggrepel(> = 0.6.3)
链接
建议	jpeg,png,BiocStyle,rmarkdown,devtools,maftools,parmigene,c3net,minet,dnet,Biobase,affy,testthat,芝麻,pathview,clusterProfiler,igraph,supraHex
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/BioinformaticsFMRP/TCGAbiolinks
BugReports	https://github.com/BioinformaticsFMRP/TCGAbiolinks/issues
取决于我
进口我	埃尔默,miRLAB,MoonlightR,SingscoreAMLMutations,SpidermiR,TCGAbiolinksGUI,TCGAWorkflow
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	TCGAbiolinks_2.12.6.tar.gz
Windows二进制	TCGAbiolinks_2.12.6.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	TCGAbiolinks_2.12.6.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/TCGAbiolinks
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ TCGAbiolinks
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/TCGAbiolinks/
包下载报告	下载数据