结构视频隔离

doi:10.18129/b9.bioc.structuralvariantantation

该包适用于生物导体的3.9版;对于稳定的最新版本,请参阅结构视频隔离

结构变体的变体注释

生物导体版本:3.9

结构体含量包含用于处理VCF格式的结构变体的有用助手函数。这些软件包包含从许多受欢迎的呼叫者中解析VCF的功能,以及处理涉及两个单独基因组基因座的断点的功能,这些函数编码为Granges对象。

作者:Daniel Cameron [AUT,CRE],破坏董[aut]

维护者:Daniel Cameron

引用(从r内,输入引用(“构造体验”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.6”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ structuralvariantannotation”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

browsevignettes(“ structuralVariantantation”)

html R脚本 结构变体注释套件
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 注解,,,,DataImport,,,,遗传学,,,,测序,,,,软件,,,,变体
版本 1.0.0
在生物导体中 Bioc 3.9(R-3.6)(<6个月)
执照 GPL-3
要看 基因组机,,,,rtracklayer,,,,变体,,,,生物基因,r(> = 3.6.0)
进口 断言,,,,生物弦,,,,Stringr,,,,dplyr, 方法,rlang
链接
建议 bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19,,,,GGPLOT2,,,,DevTools,,,,测试,,,,roxygen2,,,,COVR,,,,尼特,,,,plyranges,,,,GGBIO,,,,Biovizbase,,,,循环,,,,Tictoc,,,,GenomeInfodB,,,,iranges,,,,S4VECTORS,,,,总结性特征
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 structuralVariantAnnotation_1.0.0.tar.gz
Windows二进制 structuralVariantAnnotation_1.0.0.zip
Mac OS X 10.11(El Capitan) structuralVariantAnnotation_1.0.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/StructuralVariantAnnotation
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/structuralVariantAnnotation
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/StructuralVariantAnnotation/
软件包下载报告 下载统计

文档»

生物导体

r/克兰软件包和文档

支持»

请阅读发布指南。向以下位置之一发布有关生物导体的问题:

  • 支持网站- 有关生物处理套件的问题
  • 正常词 邮件列表 - 包装开发人员bob电竞体育官网