该包适用于生物导体的3.9版;对于稳定的最新版本,请参阅结构视频隔离。
生物导体版本:3.9
结构体含量包含用于处理VCF格式的结构变体的有用助手函数。这些软件包包含从许多受欢迎的呼叫者中解析VCF的功能,以及处理涉及两个单独基因组基因座的断点的功能,这些函数编码为Granges对象。
作者:Daniel Cameron [AUT,CRE],破坏董[aut]
维护者:Daniel Cameron
引用(从r内,输入引用(“构造体验”)
):
要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.6”)并输入:
if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ structuralvariantannotation”)
对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放。
要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:
browsevignettes(“ structuralVariantantation”)
html | R脚本 | 结构变体注释套件 |
参考手册 | ||
文本 | 消息 |
生物浏览 | 注解,,,,DataImport,,,,遗传学,,,,测序,,,,软件,,,,变体 |
版本 | 1.0.0 |
在生物导体中 | Bioc 3.9(R-3.6)(<6个月) |
执照 | GPL-3 |
要看 | 基因组机,,,,rtracklayer,,,,变体,,,,生物基因,r(> = 3.6.0) |
进口 | 断言,,,,生物弦,,,,Stringr,,,,dplyr, 方法,rlang |
链接 | |
建议 | bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19,,,,GGPLOT2,,,,DevTools,,,,测试,,,,roxygen2,,,,COVR,,,,尼特,,,,plyranges,,,,GGBIO,,,,Biovizbase,,,,循环,,,,Tictoc,,,,GenomeInfodB,,,,iranges,,,,S4VECTORS,,,,总结性特征 |
系统要求 | |
增强 | |
URL | |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
源包 | structuralVariantAnnotation_1.0.0.tar.gz |
Windows二进制 | structuralVariantAnnotation_1.0.0.zip |
Mac OS X 10.11(El Capitan) | structuralVariantAnnotation_1.0.0.tgz |
源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/StructuralVariantAnnotation |
源存储库(开发人员访问) | git clone git@git.bioconductor.org:packages/structuralVariantAnnotation |
包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/StructuralVariantAnnotation/ |
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