斯塔尔

DOI:10.18129 / B9.bioc.Starr

这个包是3.9版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅斯塔尔。

简单的瓷砖阵列分析Affymetrix ChIP-chip数据

Bioconductor版本:3.9

斯塔尔促进ChIP-chip数据的分析,特别是Affymetrix花砖的数组。包提供了数据导入功能、质量评估、数据可视化和探索。此外,它包括高级分析功能,如协会芯片信号与注释功能,芯片信号的相关分析和其他基因组数据(如基因表达),peak-finding CMARRT算法和ChIP-profiles的比较显示多个集群。它使用基本Bioconductor类ExpressionSet和probeAnno Bioconductor最大与其他软件的兼容性。可以使用所有功能从斯塔尔调查从林格包预处理数据,反之亦然。小说的一个重要工具自动生成正确的,最新的微阵列探针注释(bpmap)文件,依靠高效的短序列的映射(如芯片上的探针序列)任意基因组。

作者:Benedikt米基罗,Johannes Soeding裴分矿,马提亚Siebert Achim Tresch

维护人员:Benedikt米基罗<米基罗在lmb.uni-muenchen.de >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“斯塔尔”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes(“斯塔尔”)

PDF	R脚本	简单的瓷砖阵列分析
PDF		参考手册

细节

biocViews	ChIPchip,DataImport,微阵列,OneChannel,预处理,质量控制,软件
版本	1.40.0
Bioconductor自	BioC 2.5 (r - 2.10)(10年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	林格,affy,affxparser
进口	pspline,质量,zlibbioc
链接
建议
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我	诊断
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	Starr_1.40.0.tar.gz
Windows二进制	Starr_1.40.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	Starr_1.40.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Starr
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/斯塔尔
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/Starr/
包下载报告	下载数据