SingleCellExperiment

DOI:10.18129 / B9.bioc.SingleCellExperiment

此包适用于Bioconductor的3.9版本;有关稳定的最新发布版本，请参见SingleCellExperiment．

单单元数据S4课程

Bioconductor版本:3.9

定义一个S4类，用于存储来自单单元实验的数据。这包括用于存储和检索峰值信息、每个细胞的降维坐标和大小因子的专门方法，以及用于基因和文库的常用元数据。

作者:Aaron Lun [aut, cph]， Davide Risso [aut, cre, cph]， Keegan Korthauer [ctb]

维护者:Davide Risso < Risso。Davide在gmail.com>

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install(" singlecel实验")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“SingleCellExperiment”)

超文本标记语言	R脚本	1.对singlecel实验类的介绍
超文本标记语言	R脚本	2.围绕着singlecel实验类进行开发
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport，DataRepresentation，ImmunoOncology，基础设施，SingleCell，软件
版本	1.6.0
在Bioconductor公司	BioC 3.6 (R-3.4)(2年)
许可证	GPL-3
取决于	SummarizedExperiment
进口	S4Vectors、方法、BiocGenerics，效用，统计
链接
建议	testthat，BiocStyle，knitr，rmarkdown，scRNAseq，magrittr，Rtsne，矩阵
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我	allenpvc，基础知识，后面;，CellBench，CellTrails，印度豹，clusterExperiment，cydar，DropletUtils，HCAData，iSEE，LoomExperiment，桅杆，嘘，scPipe，食物，singleCellTK，飞溅，switchde，TENxBrainData，TENxPBMCData，TreeSummarizedExperiment，zinbwave
进口我	bayNorm，BEARscc，催化剂，ccfindR，CellMixS，CoGAPS，infercnv，LineagePulse，mbkmeans，netSmooth，phemd，SC3，scAlign，scDD，scds，scfind，scmap，scMerge，SCnorm，颈背，scTensor，激流回旋，弹弓
建议我	DEsingle，命运，DuoClustering2018，FCBF，M3Drop，phenopath，scFeatureFilter，scRecover，simpleSingleCell，TabulaMurisData
给我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	SingleCellExperiment_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	SingleCellExperiment_1.6.0.zip(32- & 64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	SingleCellExperiment_1.6.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/SingleCellExperiment
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ singlecel实验
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SingleCellExperiment/
软件包下载报告	下载数据