SamSPECTRAL

DOI:10.18129 / B9.bioc.SamSPECTRAL

这个包是3.9版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅SamSPECTRAL。

识别的细胞群在流式细胞仪的数据。

Bioconductor版本:3.9

大数据样本,谱聚类是可能的,同时保留在边密度信息。更具体地说,鉴于矩阵坐标作为输入,SamSPECTRAL首先构建社区样本数据点。然后,它构建一个图和加权后的边缘电导计算,图形传递给一个经典的谱聚类算法找到光谱集群。SamSPECTRAL的最后阶段是结合光谱集群。由此产生的“连接组件”估计生物细胞数量的数据。查看更多细节的装饰图案如何使用这个包,一些插图,和简单的例子。

作者:Habil Zare和Parisa Shooshtari

维护人员:Habil < zare u.washington.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“SamSPECTRAL”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“SamSPECTRAL”)

PDF	R脚本	修改后的谱聚类方法聚类数据流式细胞术
PDF		参考手册

细节

biocViews	癌症,CellBiology,聚类,FlowCytometry,艾滋病毒,ImmunoOncology,软件,干细胞的
版本	1.38.0
Bioconductor自	BioC 2.6 (r - 2.11)(9.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 3.3.3)
进口	方法
链接
建议
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我	承认,ddPCRclust
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	SamSPECTRAL_1.38.0.tar.gz
Windows二进制	SamSPECTRAL_1.38.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	SamSPECTRAL_1.38.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SamSPECTRAL
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ SamSPECTRAL
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SamSPECTRAL/
包下载报告	下载数据