斯坦

DOI:10.18129 / B9.bioc.STAN

这个包是3.9版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅斯坦。

国家基因组注释包

Bioconductor版本:3.9

基因组与隐马尔科夫模型分割已经成为一个有用的工具来注释基因组元素,如启动子和增强子。斯坦(基因组注释)实现(双向)隐马尔可夫模型(摘要)使用各种不同的概率分布,从而模型广泛的当前基因组数据(如连续、离散、二进制文件)。斯坦从头学和基因组注释到给定的基因组的州。的基因组的例如可能反映了不同的genome-associated蛋白复合物(如。“转录状态”)或描述染色质的重复出现的模式特性(称为“染色质状态”)。与其他工具不同的是,斯坦还允许strand-specific的集成(例如RNA)和non-strand-specific数据(例如芯片)。

作者:Benedikt米基罗,茱莉亚Ertl,拉斐尔•Campos-Martin朱利安Gagneur Achim Tresch

维护人员:拉斐尔Campos-Martin <坎波斯在mpipz.mpg.de >

安装

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如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“斯坦”)

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文档

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PDF	R脚本	国家基因组注释包
PDF		参考手册

细节

biocViews	ChIPSeq,ChipOnChip,GenomeAnnotation,HiddenMarkovModel,ImmunoOncology,微阵列,RNASeq,测序,软件,转录
版本	2.12.0
Bioconductor自	BioC 3.0 (r - 3.1)(5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	方法,poilog、并行
进口	GenomicRanges,IRanges,S4Vectors,BiocGenerics,GenomeInfoDb,Gviz,Rsolnp
链接
建议	BiocStyle,gplots,knitr
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	STAN_2.12.0.tar.gz
Windows二进制	STAN_2.12.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	STAN_2.12.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/STAN
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/斯坦
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/STAN/
包下载报告	下载数据