SNPhood

DOI:10.18129 / B9.bioc.SNPhood

此包适用于Bioconductor的3.9版本;有关稳定的最新发布版本，请参见SNPhood．

SNPhood:利用NGS数据研究、量化和可视化SNPs的表观基因组邻域

Bioconductor版本:3.9

迄今为止，已经发现了数千种单核苷酸多态性(SNPs)与复杂性状和疾病相关。然而，绝大多数与疾病相关的snp位于基因组的非编码部分，并可能影响调控元件，如增强子和启动子，而不是蛋白质的功能。因此，为了了解遗传性状和疾病的分子机制，研究SNP对邻近分子性状如染色质环境或转录因子(TF)结合的影响变得越来越重要。为此，我们开发了SNPhood，这是一个用户友好的*Bioconductor* R包，用于研究和可视化一组SNPs的局部邻域，用于NGS数据，如来自ChIP-Seq或RNA- Seq实验的染色质标记或转录因子结合位点。SNPhood包含一组易于使用的函数，用于提取、规范化和总结基因组区域的读取，执行各种数据质量检查，使用额外的输入文件规范化读取计数，以及根据绑定模式对区域进行聚类和可视化。可以以用户定义的方式对每个SNP周围的区域进行分组，以便分析非常广泛的模式以及详细研究特定的绑定形状。此外，SNPhood支持与基因型信息的集成，以研究和可视化基因型特异性结合模式。最后，SNPhood可以用于确定、研究和可视化感兴趣的SNPs周围的等位基因特异性结合模式。

作者:Christian Arnold [aut, cre]， Pooja Bhat [aut]， Judith Zaugg [aut]

维护者:Christian Arnold < Christian。Arnold在embl.de>

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager" BiocManager::install("SNPhood")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“SNPhood”)

超文本标记语言	R脚本	介绍和方法细节
超文本标记语言	R脚本	工作流示例
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文本		新闻

细节

biocViews	软件
版本	1.14.0
在Bioconductor公司	BioC 3.2 (R-3.2)(4年)
许可证	LGPL (>= 3)
取决于	R (>= 3.1)，GenomicRanges，Rsamtools，data.table，使彻底失败
进口	DESeq2，集群，ggplot2，晶格，GenomeInfoDb，BiocParallel，VariantAnnotation，BiocGenerics，IRanges、方法、SummarizedExperiment，RColorBrewer，BiostringsgrDevices,gridExtra，统计，网格，效用，reshape2，尺度，S4Vectors
链接
建议	BiocStyle，knitr，pryr，rmarkdown，SNPhoodData，corrplot
SystemRequirements
增强了
URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/SNPhood
BugReports	christian.arnold@embl.de
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	SNPhood_1.14.0.tar.gz
Windows二进制	SNPhood_1.14.0.zip(32- & 64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	SNPhood_1.14.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/SNPhood
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/SNPhood
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SNPhood/
软件包下载报告	下载数据