这个包适用于Bioconductor 3.9版;有关稳定的最新发布版本,请参见击杀.
Bioconductor版本:3.9
这个包建立在Epimods框架之上,该框架使用SpinGlass算法在Illumina Infinium 27k阵列上查找加权子网络(“模块”),就像在iGraph包中实现的那样。我们创建了一类以基因为中心的注释,这些注释与p值、效应大小和来自任何研究人员先前统计结果的分数相关,以寻找功能模块。
作者:Neil Ari Wijetunga, Andrew Damon Johnston, John Murray Greally
维护者:Neil Ari Wijetunga
引文(从R内,输入引用(“击打”)
):
要安装这个包,启动R(版本“3.6”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("SMITE")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“击打”)
R脚本 | 击打教程 | |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | 报道,DifferentialExpression,DifferentialMethylation,GenomeAnnotation,ImmunoOncology,网络,NetworkEnrichment,RNASeq,测序,软件,SystemsBiology |
版本 | 1.12.0 |
在Bioconductor | BioC 3.3 (R-3.3)(3.5年) |
许可证 | GPL (> = 2) |
取决于 | R (>= 3.3),GenomicRanges |
进口 | 尺度,plyr,Hmisc,AnnotationDbi,org.Hs.eg.db,ggplot2,reactome.db,KEGG.db,生命网络,goseq、方法、IRanges,igraph,Biobase、工具、S4Vectors,geneLenDataBase, grDevices,图形,统计,utils |
链接 | |
建议 | knitr |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | https://github.com/GreallyLab/SMITE |
BugReports | https://github.com/GreallyLab/SMITE/issues |
全靠我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
源包 | SMITE_1.12.0.tar.gz |
Windows二进制 | SMITE_1.12.0.zip |
Mac OS X 10.11 (El Capitan) | SMITE_1.12.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SMITE |
源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/SMITE |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/SMITE/ |
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