击杀
DOI:10.18129 / B9.bioc.SMITE
这个包适用于Bioconductor 3.9版;有关稳定的最新发布版本，请参见击杀．
整合转录组和表观基因组的显著性模块
Bioconductor版本:3.9
这个包建立在Epimods框架之上，该框架使用SpinGlass算法在Illumina Infinium 27k阵列上查找加权子网络(“模块”)，就像在iGraph包中实现的那样。我们创建了一类以基因为中心的注释，这些注释与p值、效应大小和来自任何研究人员先前统计结果的分数相关，以寻找功能模块。
作者:Neil Ari Wijetunga, Andrew Damon Johnston, John Murray Greally
维护者:Neil Ari Wijetunga
引文(从R内，输入引用(“击打”))：
安装
要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("SMITE")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“击打”)
| R脚本 | 击打教程 | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | 报道，DifferentialExpression，DifferentialMethylation，GenomeAnnotation，ImmunoOncology，网络，NetworkEnrichment，RNASeq，测序，软件，SystemsBiology |
| 版本 | 1.12.0 |
| 在Bioconductor | BioC 3.3 (R-3.3)(3.5年) |
| 许可证 | GPL (> = 2) |
| 取决于 | R (>= 3.3)，GenomicRanges |
| 进口 | 尺度，plyr，Hmisc，AnnotationDbi，org.Hs.eg.db，ggplot2，reactome.db，KEGG.db，生命网络，goseq、方法、IRanges，igraph，Biobase、工具、S4Vectors，geneLenDataBase， grDevices，图形，统计，utils |
| 链接 | |
| 建议 | knitr |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/GreallyLab/SMITE |
| BugReports | https://github.com/GreallyLab/SMITE/issues |
| 全靠我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | SMITE_1.12.0.tar.gz |
| Windows二进制 | SMITE_1.12.0.zip |
| Mac OS X 10.11 (El Capitan) | SMITE_1.12.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SMITE |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/SMITE |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/SMITE/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
