Sictools
doi：10.18129/b9.bioc.sictools
该包适用于生物导体的3.9版；对于稳定的最新版本，请参阅Sictools。
查找两个BAM文件之间的SNV/INDEL差异
生物导体版本：3.9
该软件包是在两个BAM文件之间找到具有接近关系的SNV/INDEL差异，以成对比较感兴趣的基因组区域的每个基本位置。差异是通过Fisher测试和欧几里得距离推断的，其输入是给定位置的基本计数（A，T，G，C），并且在Indel区域的两侧不少于2bp的Indels读数。
作者：小敏，吴
维护者：xiaobin xing
引用（从r内，输入引用（“ Sictools”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.6”）并输入：
if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ sictools”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
Browsevignettes（“ Sictools”）
| R脚本 | 使用Sictools | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | 结盟，，，，覆盖范围，，，，DataImport，，，，QualityControl，，，，SNP，，，，测序，，，，测序，，，，软件，，，，变体挖出 |
| 版本 | 1.14.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.2（R-3.2）（4年） |
| 执照 | GPL（> = 2） |
| 要看 | r（> = 3.0.0），方法，rsamtools（> = 1.18.1），多帕尔（> = 1.0.8），生物弦（> = 2.32.1），Stringr（> = 0.6.2），矩阵（> = 0.10.0），plyr（> = 1.8.3），基因组机（> = 1.22.4），iranges（> = 2.4.8） |
| 进口 | |
| 链接 | |
| 建议 | 尼特，，，，运行，，，，生物基因 |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | sictools_1.14.0.tar.gz |
| Windows二进制 | |
| Mac OS X 10.11（El Capitan） | sictools_1.14.0.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/sictools |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：包装/sictools |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/sictools/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
