扫描。通用产品

DOI:10.18129 / B9.bioc.SCAN.UPC

这个包适用于Bioconductor 3.9版;有关稳定的最新发布版本，请参见扫描。通用产品．

单通道阵列归一化(SCAN)和通用表达式码(UPC)

Bioconductor版本:3.9

SCAN是一种微阵列归一化方法，以促进个性化医疗工作流程。SCAN不是将微阵列样本作为组来处理，这可能会引入偏差并提出逻辑挑战，而是仅使用每个阵列内的数据，通过建模和去除探针和阵列特定的背景噪声，逐个规范化每个样本。SCAN可应用于单通道(如Affymetrix)或双通道(如Agilent)微阵列。通用表达码(UPC)方法是SCAN的扩展，用于估计给定样本中给定基因/转录本是否高于背景水平。UPC方法可以应用于单通道或双通道微阵列以及RNA-Seq读取计数。由于UPC值以相同的尺度表示，并且对于每个平台具有相同的解释，因此它们可以用于跨平台数据集成。

作者:Stephen R. Piccolo, Andrea H. Bild, W. Evan Johnson

维护者:Stephen R. Piccolo

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("SCAN.UPC")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“SCAN.UPC”)

PDF	R脚本	底漆
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ImmunoOncology，微阵列，OneChannel，预处理，RNASeq，软件，TwoChannel
版本	2.26.0
在Bioconductor	BioC 2.11 (R-2.15)(7年)
许可证	麻省理工学院
取决于	R (>= 2.14.0)，Biobase(> = 2.6.0),益生元，Biostrings，GEOquery，affy，affyio，foreach，股东价值分析
进口	跑龙套、方法质量、工具、IRanges
链接
建议	pd.hg.u95a
SystemRequirements
增强了
URL	//www.anjoumacpherson.comhttp://jlab.bu.edu/software/scan-upc
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	SCAN.UPC_2.26.0.tar.gz
Windows二进制	SCAN.UPC_2.26.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	SCAN.UPC_2.26.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SCAN.UPC
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/SCAN.UPC
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SCAN.UPC/
软件包下载报告	下载数据