Rsubread

DOI:10.18129 / B9.bioc.Rsubread

此包适用于Bioconductor的3.9版本;有关稳定的最新发布版本，请参见Rsubread．

R的子读序列比对和计数

Bioconductor版本:3.9

第二代和第三代测序数据的比对、量化和分析。包括读映射，读计数，SNP调用，结构变异检测和基因融合发现的功能。可应用于所有主要的测序技术和短序列和长序列读取。

作者:石伟、廖杨、戈登·K·史密斯(戴珍妮为其撰稿)

维护者:Wei Shi < Shi at wehi.edu.au>， Yang Liao < Liao at wehi.edu.au>和Gordon K Smyth < Smyth at wehi.edu.au>

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“Rsubread”)

PDF	R脚本	Rsubread装饰图案
PDF		SubreadUsersGuide.pdf
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐，ChIPSeq，GeneExpression，GeneFusionDetection，GeneRegulation，GeneticVariability，遗传学，GenomeAnnotation，ImmunoOncology，IndelDetection，MultipleSequenceAlignment，预处理，质量控制，RNASeq，单核苷酸多态性，SequenceMatching，测序，软件，VariantAnnotation，VariantDetection
版本	1.34.7
在Bioconductor公司	BioC 2.8 (R-2.13)(8.5年)
许可证	GPL-3
取决于
进口	grDevices, stats, utils
链接
建议
SystemRequirements
增强了
URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/Rsubread
全靠我	ExCluster，samExploreR
进口我	dupRadar
建议我	icetea，scPipe，颈背，singleCellTK
给我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	Rsubread_1.34.7.tar.gz
Windows二进制	Rsubread_1.34.7.zip(32- & 64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	Rsubread_1.34.7.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/Rsubread
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/Rsubread
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/Rsubread/
软件包下载报告	下载数据