Roleswitch

DOI:10.18129 / B9.bioc.Roleswitch

这个包适用于Bioconductor 3.9版;有关稳定的最新发布版本，请参见Roleswitch．

利用单个样本的配对表达数据推断miRNA-mRNA相互作用

Bioconductor版本:3.9

使用来自单个样本的配对表达数据推断MiRNA-mRNA相互作用签名(ProMISe)的概率。Roleswitch通过推断mRNA (miRNA)成为miRNA (mRNA)的目标(“目标”)的概率，考虑到所有mRNA (miRNA)的表达，由于它们对同一miRNA (mRNA)的潜在竞争。由于细胞中的动态miRNA抑制，Roleswitch假设总转录mRNA水平高于观察到的(平衡)mRNA水平，并基于上述推断迭代更新每个mRNA靶点的总转录。注:在本文中，我们使用ProMISe作为模型名和推断分数名。

作者:李越

维护者:Yue Li

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("Roleswitch")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“Roleswitch”)

PDF	R脚本	Roleswitch
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	软件，microrna的
版本	1.22.0
在Bioconductor	BioC 2.13 (R-3.0)(6年)
许可证	GPL-2
取决于	R (>= 2.10)，pracma，重塑，plotrix，微，biomaRt，Biostrings，Biobase，DBI
进口
链接
建议	ggplot2
SystemRequirements
增强了
URL	http://www.cs.utoronto.ca/~yueli/roleswitch.html
全靠我
进口我	miRLAB
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	Roleswitch_1.22.0.tar.gz
Windows二进制	Roleswitch_1.22.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	Roleswitch_1.22.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Roleswitch
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/Roleswitch
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/Roleswitch/
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