RnBeads

DOI:10.18129 / B9.bioc.RnBeads

这个包适用于Bioconductor 3.9版;有关稳定的最新发布版本,请参见RnBeads

RnBeads

Bioconductor版本:3.9

RnBeads有助于在基因组尺度上对各种类型的DNA甲基化数据进行综合分析。

作者:Yassen Assenov [aut], Pavlo Lutsik [aut], Michael Scherer [aut], Fabian Mueller [aut, cre]

维护者:Fabian Mueller

引文(从R内,输入引用(“RnBeads”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("RnBeads")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“RnBeads”)

PDF R脚本 RnBeads综合DNA甲基化分析
PDF R脚本 RnBeads注释
PDF 参考手册
文本 自述
文本 新闻

细节

biocViews BatchEffectCpGIslandDNAMethylationDataImportDifferentialMethylation表观遗传学ImmunoOncologyMethylSeqMethylationArray预处理质量控制测序软件TwoChannel
版本 2.2.0
在Bioconductor BioC 3.1 (R-3.2)(4.5年)
许可证 GPL-3
取决于 R (>= 3.0.0),BiocGenericsS4Vectors(> = 0.9.25),GenomicRanges质量集群ff字段ggplot2(> = 0.9.2),gplotsgridExtralimmamatrixStats、方法、illuminaiomethylumiplyr
进口 IRanges
链接
建议 类别GOstatsGvizIlluminaHumanMethylation450kmanifestRPMMRefFreeEWASRnBeads.hg19XML注释biomaRtforeachdoParallelggbioisvamclustmgcvminfinlmeorg.Hs.eg.dborg.Mm.eg.dborg.Rn.eg.dbquadprogrtracklayerqvalue股东价值分析西瓜wordcloudqvalueargparseglmnet很高兴IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19尺度missMethyl嫁祸于闪亮的shinyjsplotrixhexbinRUnit
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我 RnBeads.hg19RnBeads.hg38RnBeads.mm10RnBeads.mm9RnBeads.rn5
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包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 RnBeads_2.2.0.tar.gz
Windows二进制 RnBeads_2.2.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan) RnBeads_2.2.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RnBeads
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/RnBeads
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/RnBeads/
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