ReactomePA

DOI:10.18129 / B9.bioc.ReactomePA

此包适用于Bioconductor的3.9版本;有关稳定的最新发布版本，请参见ReactomePA。

反应组通路分析

Bioconductor版本:3.9

这个包提供了基于REACTOME路径数据库的路径分析功能。它实现了富集分析、基因集富集分析和可视化功能。

作者:余光创[aut, cre]， Vladislav Petyuk [ctb]

维护人员:Guangchuang Yu

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("ReactomePA")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“ReactomePA”)

超文本标记语言	R脚本	一个用于反应组路径分析的R包
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释，GeneSetEnrichment，MultipleComparison，通路，Reactome，软件，可视化
版本	1.28.0
在Bioconductor公司	BioC 2.10 (R-2.15)(7.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (>= 3.4.0)
进口	AnnotationDbi，剂量(> = 3.5.1),enrichplot，ggplot2，ggraph，reactome.db，igraph，石墨
链接
建议	BiocStyle，clusterProfiler，knitr，org.Hs.eg.db，prettydoc，testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://guangchuangyu.github.io/software/ReactomePA
BugReports	https://github.com/GuangchuangYu/ReactomePA/issues
全靠我	maEndToEnd
进口我	bioCancer，epihet，林肯，miRsponge，miRspongeR，scTensor
建议我	ChIPseeker，CINdex，clusterProfiler
给我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	ReactomePA_1.28.0.tar.gz
Windows二进制	ReactomePA_1.28.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	ReactomePA_1.28.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/ReactomePA
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ReactomePA
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ReactomePA/
软件包下载报告	下载数据