Rcwl

DOI:10.18129 / B9.bioc.Rcwl

这个包适用于Bioconductor 3.9版;有关稳定的最新发布版本，请参见Rcwl．

使用CWL包装命令工具和管道

Bioconductor版本:3.9

该包可以是一种简单且用户友好的方式，可以在R中使用公共工作流语言(CWL)管理命令行工具和构建数据分析管道。

作者:胡强[aut, cre]，刘谦[aut]

维护者:强虎<强。在roswellpark.org>

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("Rcwl")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“Rcwl”)

超文本标记语言	R脚本	Rcwl用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	ImmunoOncology，软件，WorkflowStep
版本	1.0.14
在Bioconductor	BioC 3.9 (R-3.6)(< 6个月)
许可证	GPL-2 |文件LICENSE
取决于	R (>= 3.6)，yaml、方法、S4Vectors
进口	跑龙套,统计数据,BiocParallel，batchtools，图，闪亮的，R.utils，codetools
链接
建议	testthat，knitr，rmarkdown，BiocStyle
SystemRequirements	Python (>= 2.7)， cwltool (>= 1.0.2018)
增强了
URL
全靠我	RcwlPipelines
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	Rcwl_1.0.14.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	Rcwl_1.0.14.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Rcwl
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/Rcwl
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/Rcwl/
软件包下载报告	下载数据