研制

DOI:10.18129 / B9.bioc.RTN

这个包适用于Bioconductor 3.9版;有关稳定的最新发布版本,请参见研制

RTN:转录调控网络的重建和调控分析

Bioconductor版本:3.9

转录调控网络(TRN)由转录因子(TFs)和调控靶基因组成。转录因子是识别特定DNA序列并指导基因组表达的调控因子,可以激活或抑制靶基因的表达。同一TF控制的一组基因形成一个规则。这个包提供了重构trn和分析规则的类和方法。

作者:Clarice Groeneveld [ctb], Gordon Robertson [ctb], Wang Xin [aut], Michael Fletcher [aut], Florian Markowetz [aut], Kerstin Meyer [aut], Mauro Castro [aut]

维护者:Mauro Castro < Mauro .a.。卡斯特罗在gmail.com>

引文(从R内,输入引用(“研制”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("RTN")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“研制”)

超文本标记语言 R脚本 RTN:转录调节网络的重建和规则分析。”
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews GeneExpressionGeneRegulationGeneSetEnrichmentGeneticVariabilityGraphAndNetwork网络NetworkEnrichmentNetworkInference软件转录
版本 2.8.5
在Bioconductor BioC 2.13 (R-3.0)(6年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R(>= 3.5.0),方法
进口 红色的minet毒蛇mixtoolslimmadata.tableIRangesigraphS4VectorsSummarizedExperiment
链接
建议 RUnitBiocGenericsBiocStyleknitrrmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL http://dx.doi.org/10.1038/ncomms3464
全靠我 Fletcher2013bRTNdualsRTNsurvival
进口我
建议我 geneplast
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 RTN_2.8.5.tar.gz
Windows二进制 RTN_2.8.5.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan) RTN_2.8.5.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RTN
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/RTN
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/RTN/
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