这个包适用于Bioconductor 3.9版;有关稳定的最新发布版本,请参见研制.
Bioconductor版本:3.9
转录调控网络(TRN)由转录因子(TFs)和调控靶基因组成。转录因子是识别特定DNA序列并指导基因组表达的调控因子,可以激活或抑制靶基因的表达。同一TF控制的一组基因形成一个规则。这个包提供了重构trn和分析规则的类和方法。
作者:Clarice Groeneveld [ctb], Gordon Robertson [ctb], Wang Xin [aut], Michael Fletcher [aut], Florian Markowetz [aut], Kerstin Meyer [aut], Mauro Castro [aut]
维护者:Mauro Castro < Mauro .a.。卡斯特罗在gmail.com>
引文(从R内,输入引用(“研制”)
):
要安装这个包,启动R(版本“3.6”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("RTN")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“研制”)
超文本标记语言 | R脚本 | RTN:转录调节网络的重建和规则分析。” |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | GeneExpression,GeneRegulation,GeneSetEnrichment,GeneticVariability,GraphAndNetwork,网络,NetworkEnrichment,NetworkInference,软件,转录 |
版本 | 2.8.5 |
在Bioconductor | BioC 2.13 (R-3.0)(6年) |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | R(>= 3.5.0),方法 |
进口 | 红色的,minet,毒蛇,mixtools,雪,limma,data.table,IRanges,igraph,S4Vectors,SummarizedExperiment |
链接 | |
建议 | RUnit,BiocGenerics,BiocStyle,knitr,rmarkdown |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | http://dx.doi.org/10.1038/ncomms3464 |
全靠我 | Fletcher2013b,RTNduals,RTNsurvival |
进口我 | |
建议我 | geneplast |
链接到我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
源包 | RTN_2.8.5.tar.gz |
Windows二进制 | RTN_2.8.5.zip |
Mac OS X 10.11 (El Capitan) | RTN_2.8.5.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RTN |
源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/RTN |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/RTN/ |
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