RIPSeeker

DOI:10.18129 / B9.bioc.RIPSeeker

这个包是3.9版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅RIPSeeker。

RIPSeeker:识别蛋白质有关记录的统计软件包RIP-seq实验

Bioconductor版本:3.9

推断和歧视RIP山峰RIP-seq比对使用两国嗯有负二项发射概率。虽然RIPSeeker是专门针对RIP-seq数据分析,它还提供了一套全面的生物信息学工具集成在这个独立的软件包解决问题从post-alignments处理可视化和注释。

作者:李曰

维护人员:李曰< yueli cs.toronto.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“RIPSeeker”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“RIPSeeker”)

PDF	R脚本	RIPSeeker:识别蛋白质有关记录的统计软件包RIP-seq实验
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文本		新闻

细节

biocViews	RIPSeq,测序,软件
版本	1.24.0
Bioconductor自	BioC 2.12 (r - 3.0)(6.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R(> = 2.15),方法,S4Vectors(> = 0.9.25),IRanges,GenomicRanges,SummarizedExperiment,Rsamtools,GenomicAlignments,rtracklayer
进口
链接
建议	biomaRt,ChIPpeakAnno平行,GenomicFeatures
SystemRequirements
增强了
URL	http://www.cs.utoronto.ca/ ~ yueli / software.html
取决于我	RIPSeekerData
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	RIPSeeker_1.24.0.tar.gz
Windows二进制	RIPSeeker_1.24.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	RIPSeeker_1.24.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RIPSeeker
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ RIPSeeker
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/RIPSeeker/
包下载报告	下载数据