RGMQL

DOI:10.18129 / B9.bioc.RGMQL

这个包适用于Bioconductor 3.9版;有关稳定的最新发布版本，请参见RGMQL．

R/Bioconductor的GenoMetric查询语言

Bioconductor版本:3.9

这个包将GenoMetric Query Language (GMQL)功能引入R环境。GMQL是一种高级的声明性语言，用于管理用于生物医学目的的异构基因组数据集，使用简单的查询来处理基因组区域及其元数据和属性。GMQL采用云计算技术(如Apache Hadoop和Spark)为大数据高效设计的算法，允许GMQL在现代基础设施上运行，以实现可伸缩性和高性能。它允许从本地和远程的不同数据源创建、操作和提取基因组数据。我们的RGMQL函数允许利用R惯用范式进行复杂的查询和处理。RGMQL包还提供了一组丰富的辅助类，允许复杂的输入/输出管理和排序，例如:ASC, DESC, BAG, MIN, MAX, SUM, AVG, MEDIAN, STD, Q1, Q2, Q3(和许多其他)。请注意，许多RGMQL函数在R环境中不是直接执行的，而是被延迟到真正执行。

作者:Simone Pallotta, Marco Masseroli

维护者:Simone Pallotta < simmonepallotta at hotmail.com>

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("RGMQL")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“RGMQL”)

PDF	R脚本	RGMQL: R/Bioconductor的GenoMetric查询语言
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport，ImmunoOncology，基础设施，网络，SingleCell，软件
版本	1.4.1
在Bioconductor	BioC 3.7 (R-3.5)(1.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.4.2)，RGMQLlib
进口	httr，rJava，GenomicRanges，rtracklayer，data.table跑龙套,plyr，xml2、方法、S4Vectors，dplyr统计数据,胶水，BiocGenerics
链接
建议	BiocStyle，knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	http://www.bioinformatics.deib.polimi.it/genomic_computing/GMQL/
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	RGMQL_1.4.1.tar.gz
Windows二进制	RGMQL_1.4.1.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	RGMQL_1.3.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RGMQL
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/RGMQL
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/RGMQL/
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