这个包是3.9版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅REMP。
Bioconductor版本:3.9
基于机器学习工具来预测DNA甲基化locus-specific重复元素(重新)通过学习周围的遗传和表观遗传信息。这些工具提供了全基因组和单碱基的DNA甲基化预测再保险决议难以衡量使用基于数组或sequencing-based平台,使epigenome-wide协会研究(ewa)和差异甲基化区域(DMR)分析再保险。
作者:忆南向郑(aut (cre), Lei刘(aut)(音译)(aut),沃伦·基布(aut)贾丽芳侯(aut (cph)
维护人员:忆南向郑< y-zheng northwestern.edu >
从内部引用(R,回车引用(“REMP”)
):
安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:
如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“REMP”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“REMP”)
R脚本 | 介绍REMP包 | |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | DNAMethylation,DataImport,DifferentialMethylation,表观遗传学,GenomeWideAssociation,MethylationArray,微阵列,多通道,预处理,质量控制,测序,软件,TwoChannel |
版本 | 1.8.2 |
Bioconductor自 | BioC 3.5 (r - 3.4)(2.5年) |
许可证 | GPL-3 |
取决于 | R (> = 3.6),SummarizedExperiment(> = 1.1.6),minfi(> = 1.22.0) |
进口 | readr,rtracklayer、图表、数据、跑龙套、方法设置,BiocGenerics,S4Vectors,Biostrings,GenomicRanges,IRanges,GenomeInfoDb,BiocParallel,doParallel平行,foreach,脱字符号,kernlab,管理员,BSgenome,AnnotationHub,org.Hs.eg.db,嫁祸于,迭代器 |
链接 | |
建议 | IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19,IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b2.hg19,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38,knitr,rmarkdown,minfiDataEPIC |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | https://github.com/YinanZheng/REMP |
BugReports | https://github.com/YinanZheng/REMP/issues |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | REMP_1.8.2.tar.gz |
Windows二进制 | REMP_1.8.2.zip |
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) | REMP_1.8.2.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/REMP |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ REMP |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/REMP/ |
包下载报告 | 下载数据 |