QSutils

DOI:10.18129 / B9.bioc.QSutils

这个包是3.9版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅QSutils。

准物种多样性

Bioconductor版本:3.9

组病毒准物种的效用函数与门店数据分析。大多数函数都同样有用的宏基因组研究。有三个主要类型:(1)对转换读取数据操作和exploration-functions有用单体型频率,修复读取、交叉链单和可视化单体型排列。(2)多样性indices-functions计算多样性和熵,发病率,丰度,和功能指标。(3)病毒准物种生成随机的数据simulation-functions有用的数据。

作者:梅赛德斯Guerrero-Murillo和约瑟Gregori我字体

维护人员:奔驰Guerrero-Murillo < mergumu gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“QSutils”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“QSutils”)

HTML	R脚本	QSUtils-Alignment
HTML	R脚本	QSutils-Diversity
HTML	R脚本	QSutils-Simulation
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	对齐,DNASeq,DataImport,GeneticVariability,遗传学,SequenceMatching,测序,软件
版本	1.2.0
Bioconductor自	BioC 3.8 (r - 3.5)(1年)
许可证	文件许可
取决于	R (> = 3.5),Biostrings,BiocGenerics、方法
进口	猿统计数据,心理
链接
建议	BiocStyle,knitr,rmarkdown,ggplot2
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	QSutils_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	QSutils_1.2.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	QSutils_1.2.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/QSutils
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ QSutils
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/QSutils/
包下载报告	下载数据