QDNASEQ
doi：10.18129/b9.bioc.qdnaseq
该包适用于生物导体的3.9版；对于稳定的最新版本，请参阅QDNASEQ。
定量DNA测序染色体畸变
生物导体版本：3.9
定量DNA测序进行染色体畸变。基因组分为非重叠的固定尺寸垃圾箱，每个计数中的序列读数数量，并用同时进行二维斗牛士校正来调整序列可遵循性和GC含量，并过滤以去除基因组中的虚假区域。分割和调用的下游步骤分别通过包裹和CGHCALL实现。
作者：Ilari Scheinin [aut]，Daoud Sie [AUT，CRE]，Henrik Bengtsson [aut]
维护者：daoud sie
引用（从r内，输入引用（“ QDNASEQ”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.6”）并输入：
if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ qdnaseq”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
browsevignettes（“ qdnaseq”）
| R脚本 | QDNASEQ简介 | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | 库务，，，，dnaseq，，，，遗传学，，，，基因数，，，，预处理，，，，QualityControl，，，，测序，，，，软件 |
| 版本 | 1.20.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 2.14（R-3.1）（5。5年） |
| 执照 | GPL |
| 要看 | R（> = 3.1.0） |
| 进口 | 图形，方法，统计，utils，生物酶（> = 2.18.0），CGHBASE（> = 1.18.0），CGHCALL（> = 2.18.0），DNACOPIGY（> = 1.32.0），基因组机（> = 1.20），iranges（> = 2.2），矩阵（> = 0.50.2），r.utils（> = 2.3.0），rsamtools（> = 1.20），生物比较（> = 1.6.6） |
| 链接 | |
| 建议 | 生物使用（> = 1.8.0），BSGENOME（> = 1.38.0），消化（> = 0.6.8），GenomeInfodB（> = 1.6.0），未来（> = 0.14.0），R.Cache（> = 0.12.0） |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | https://github.com/ccagc/qdnaseq |
| BugReports | https://github.com/ccagc/qdnaseq/issues |
| 取决于我 | 吉恩·布雷克（Genebreak），，，，qdnaseq.hg19，，，，qdnaseq.mm10 |
| 进口我 | 高手，，，，Hiccompare |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | qdnaseq_1.20.0.tar.gz |
| Windows二进制 | qdnaseq_1.20.0.zip |
| Mac OS X 10.11（El Capitan） | qdnaseq_1.20.0.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/qdnaseq |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：packages/qdnaseq |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/qdnaseq/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
