此包适用于Bioconductor的3.9版本;有关稳定的最新发布版本,请参见PureCN.
Bioconductor版本:3.9
该软件包估计肿瘤纯度、拷贝数和杂合性损失(LOH),并根据体细胞状态和克隆性对单核苷酸变异(SNVs)进行分类。PureCN设计用于靶向短读测序数据,与标准体细胞变异检测和拷贝数管道集成良好,支持不匹配正常样本的肿瘤样本。
作者:Markus Riester [aut, cre], Angad P. Singh [aut]
维护者:Markus Riester < Markus。Riester在novartis.com>
引用(从R中,输入引用(“PureCN”)
):
要安装这个包,启动R(版本“3.6”)并输入:
如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("PureCN")
对于较老版本的R,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请从R开始并输入:
browseVignettes(“PureCN”)
R脚本 | PureCN概述 | |
R脚本 | 快速启动和命令行使用 | |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | CopyNumberVariation,报道,ImmunoOncology,测序,软件,VariantAnnotation,VariantDetection |
版本 | 1.14.3 |
在Bioconductor公司 | BioC 3.3 (R-3.3)(3.5年) |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | R (>= 3.3),DNAcopy,VariantAnnotation(> = 1.14.1) |
进口 | GenomicRanges(> = 1.20.3),IRanges(> = 2.2.1),RColorBrewer,S4Vectors,data.table, grDevices,图形,统计,效用,SummarizedExperiment,GenomeInfoDb,GenomicFeatures,Rsamtools,Biostrings,BiocGenerics,rtracklayer,ggplot2,gridExtra,futile.logger,VGAM工具,方法,rhdf5,矩阵 |
链接 | |
建议 | PSCBS,copynumber,BiocStyle,BiocParallel,knitr,optparse,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,org.Hs.eg.db,covr,testthat |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | https://github.com/lima1/PureCN |
全靠我 | |
进口我 | |
建议我 | |
给我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。
源包 | PureCN_1.14.3.tar.gz |
Windows二进制 | PureCN_1.14.3.zip |
Mac OS X 10.11 (El Capitan) | PureCN_1.14.3.tgz |
源库 | git clone https://git.bioconductor.org/packages/PureCN |
源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/PureCN |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/PureCN/ |
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