PoTRA

DOI:10.18129 / B9.bioc.PoTRA

这个包适用于Bioconductor 3.9版;有关稳定的最新发布版本，请参见PoTRA．

拓扑秩分析的路径

Bioconductor版本:3.9

PoTRA分析是基于生物途径中基因的拓扑排名。PoTRA可用于检测疾病相关通路(Li, Liu & Dinu, 2018)。我们使用PageRank来测量每个生物通路中基因的相对拓扑等级，然后为每个通路选择枢纽基因，并使用fisher Exact检验来确定每个通路中枢纽基因的数量是否从正常改变为癌症(Li, Liu & Dinu, 2018)。或者，如果一条通路中基因的拓扑秩分布在正常和癌症之间发生改变，则该通路也可能与癌症有关(Li, Liu & Dinu, 2018)。因此，我们使用Kolmogorov-Smirnov检验来检测两种表型之间基因拓扑等级分布改变的通路(Li, Liu & Dinu, 2018)。PoTRA可以使用KEGG, Biocarta, Reactome, NCI, SMPDB和pharmkb数据库从devel石墨库。

作者:李朝兴，刘莉，Valentin Dinu

维护者:Valentin Dinu < Valentin。Dinu在asu.edu>

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("PoTRA")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“PoTRA”)

超文本标记语言	R脚本	拓扑秩分析(PoTRA)路径
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	BioCarta，DifferentialExpression，GeneExpression，GraphAndNetwork，KEGG，网络，通路，Reactome，软件，StatisticalMethod
版本	1.0.0
在Bioconductor	BioC 3.9 (R-3.6)(< 6个月)
许可证	LGPL
取决于	R (>= 3.6.0)， stats，BiocGenerics，org.Hs.eg.db，igraph，图，石墨
进口
链接
建议	BiocStyle，knitr，rmarkdown，colr，metap，repmis
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	PoTRA_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	PoTRA_1.0.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	PoTRA_1.0.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/PoTRA
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/PoTRA
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/PoTRA/
软件包下载报告	下载数据