此套餐适用于Biocumonds 3.9版;对于稳定的最新版本版本,请参阅鸽子。
生物导体版本:3.9
Pigengene包提供一种有效的方法来从基因表达谱中推断生物签名。签名与底层平台无关,例如,输入可以是微阵列或RNA SEQ数据。它甚至可以使用一个平台的数据推断签名,并在另一个平台上评估它们。Pigengene识别使用CoEdcression网络分析的高度共同表达基因的模块(集群),总结了Eigengene中每个模块的生物信息,从而学习模块之间模拟模块之间的概率依赖性的贝叶斯网络,并基于Eigengenes的表达构建决策树。
作者:Habil Zare,Amir Foroushani和Rupesh Agrahari
维护者:Habil Zare
引文(从R内,输入引文(“鸽子”)
):
要安装此软件包,请启动R(版本“3.6”)并输入:
if(!percennamespace(“biocmanager”,squilly = true))install.packages(“biocmanager”)biocmanager ::安装(“pigengeene”)
对于旧版本,请参阅相应的生物导体释放。
要查看系统中安装此包版本的文档,请启动r并输入:
BROWSEVIGNETTES(“PIGENENE”)
PDF. | r script. | Pigengene:计算和使用eigengenes |
PDF. | 参考手册 | |
文本 | 消息 |
Biocviews. | BioMeDicalInformatics那分类那聚类那决策树那尺寸减少那基因表达那graphandnetwork.那免疫学那微阵列那网络那网络投机那正常化那校长那rnaseq.那软件那系统生物学那转录组学 |
版本 | 1.10.0. |
在生物导体中以来 | BIOC 3.4(R-3.3)(3年) |
执照 | GPL(> = 2) |
依靠 | r(> = 3.3.0),图形 |
进口 | Bnlearn.(> = 4.4.1),C50.(> = 0.1.2),大量的那MatrixStats.那Partykit.那rghrachviz那WGCNA那go.db.那赋予那预处理核,grdevices,图形,统计数据,实用程序,并行,Pheatmap.(> = 1.0.8) |
链接到 | |
建议 | org.hs.eg.db.(> = 3.7.0),org.mm.eg.db.(> = 3.7.0),生物雕(> = 2.30.0),kn那生物焦那annotationdbi.那活力 |
系统要求 | |
加强 | |
URL. | |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接给我 | |
建立报告 |
跟随bob 体育网址 在r会话中使用此包的说明。
源包 | pigengene_1.10.0.tar.gz. |
Windows二进制文件 | pigengene_1.10.0.zip. |
Mac OS x 10.11(El Capitan) | pigengene_1.10.0.tgz. |
源存储库 | git clone https://git.biocumon.org/packages/pigengene. |
源存储库(开发人员访问) | git clone git@git.biocondion.org:包装/鸽子 |
包短网址 | https://biocumon.org/packages/pigengene/ |
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