鸽子

DOI：10.18129 / b9.bioc.pigengene.

此套餐适用于Biocumonds 3.9版;对于稳定的最新版本版本，请参阅鸽子。

Infers来自基因表达数据的生物签名

生物导体版本：3.9

Pigengene包提供一种有效的方法来从基因表达谱中推断生物签名。签名与底层平台无关，例如，输入可以是微阵列或RNA SEQ数据。它甚至可以使用一个平台的数据推断签名，并在另一个平台上评估它们。Pigengene识别使用CoEdcression网络分析的高度共同表达基因的模块（集群），总结了Eigengene中每个模块的生物信息，从而学习模块之间模拟模块之间的概率依赖性的贝叶斯网络，并基于Eigengenes的表达构建决策树。

作者：Habil Zare，Amir Foroushani和Rupesh Agrahari

维护者：Habil Zare

安装

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if（！percennamespace（“biocmanager”，squilly = true））install.packages（“biocmanager”）biocmanager ::安装（“pigengeene”）

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文件

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PDF.	r script.	Pigengene：计算和使用eigengenes
PDF.		参考手册
文本		消息

细节

Biocviews.	BioMeDicalInformatics那分类那聚类那决策树那尺寸减少那基因表达那graphandnetwork.那免疫学那微阵列那网络那网络投机那正常化那校长那rnaseq.那软件那系统生物学那转录组学
版本	1.10.0.
在生物导体中以来	BIOC 3.4（R-3.3）（3年）
执照	GPL（> = 2）
依靠	r（> = 3.3.0），图形
进口	Bnlearn.（> = 4.4.1），C50.（> = 0.1.2），大量的那MatrixStats.那Partykit.那rghrachviz那WGCNA那go.db.那赋予那预处理核，grdevices，图形，统计数据，实用程序，并行，Pheatmap.（> = 1.0.8）
链接到
建议	org.hs.eg.db.（> = 3.7.0），org.mm.eg.db.（> = 3.7.0），生物雕（> = 2.30.0），kn那生物焦那annotationdbi.那活力
系统要求
加强
URL.
取决于我
进口我
建议我
链接给我
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包档案包

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源包	pigengene_1.10.0.tar.gz.
Windows二进制文件	pigengene_1.10.0.zip.
Mac OS x 10.11（El Capitan）	pigengene_1.10.0.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/pigengene.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondion.org：包装/鸽子
包短网址	https://biocumon.org/packages/pigengene/
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