该包适用于生物导体的3.9版;对于稳定的最新版本,请参阅pwmenrich。
生物导体版本:3.9
用于DNA基序扫描和富集分析的高级功能的工具包。主要功能是对已知的PWM的PWM富集分析(例如,来自数据库,例如iTobifDB),但该软件包还实现了用于PWM扫描和可视化的高级功能。该软件包不会执行“从头”主题发现,而是专注于使用实验得出或由其他工具构建的计算的主题。
作者:Robert Stojnic,Diego Diez
维护者:robert stojnic
引用(从r内,输入引用(“ Pwmenrich”)
):
要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.6”)并输入:
if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ pwmenrich”)
对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放。
要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:
Browsevignettes(“ Pwmenrich”)
R脚本 | “ PWMENRICH”软件包的概述 | |
参考手册 | ||
文本 | 消息 |
生物浏览 | 图案,,,,测序,,,,软件 |
版本 | 4.20.0 |
在生物导体中 | Bioc 2.11(R-2.15)(7年) |
执照 | LGPL(> = 2) |
要看 | 方法,网格,生物基因,,,,生物弦 |
进口 | seqlogo,,,,gdata,,,,evd |
链接 | |
建议 | 主题,,,,bsgenome.dmelanogaster.ucsc.dm3,,,,pwmenrich.dmelanogaster.background,,,,测试,,,,gtools, 平行,pwmenrich.hsapiens.background,,,,pwmenrich.mmusculus.background,,,,生物使用,,,,尼特 |
系统要求 | |
增强 | |
URL | |
取决于我 | pwmenrich.dmelanogaster.background,,,,pwmenrich.hsapiens.background,,,,pwmenrich.mmusculus.background |
进口我 | |
建议我 | rtrm |
链接到我 | |
构建报告 |
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
源包 | pwmenrich_4.20.0.tar.gz |
Windows二进制 | pwmenrich_4.20.0.zip |
Mac OS X 10.11(El Capitan) | pwmenrich_4.20.0.tgz |
源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/pwmenrich |
源存储库(开发人员访问) | git clone git@git.bioconductor.org:packages/pwmenrich |
包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/pwmenrich/ |
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