pwmenrich

doi:10.18129/b9.bioc.pwmenrich

该包适用于生物导体的3.9版;对于稳定的最新版本,请参阅pwmenrich

PWM富集分析

生物导体版本:3.9

用于DNA基序扫描和富集分析的高级功能的工具包。主要功能是对已知的PWM的PWM富集分析(例如,来自数据库,例如iTobifDB),但该软件包还实现了用于PWM扫描和可视化的高级功能。该软件包不会执行“从头”主题发现,而是专注于使用实验得出或由其他工具构建的计算的主题。

作者:Robert Stojnic,Diego Diez

维护者:robert stojnic

引用(从r内,输入引用(“ Pwmenrich”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.6”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ pwmenrich”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“ Pwmenrich”)

PDF R脚本 “ PWMENRICH”软件包的概述
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 图案,,,,测序,,,,软件
版本 4.20.0
在生物导体中 Bioc 2.11(R-2.15)(7年)
执照 LGPL(> = 2)
要看 方法,网格,生物基因,,,,生物弦
进口 seqlogo,,,,gdata,,,,evd
链接
建议 主题,,,,bsgenome.dmelanogaster.ucsc.dm3,,,,pwmenrich.dmelanogaster.background,,,,测试,,,,gtools, 平行,pwmenrich.hsapiens.background,,,,pwmenrich.mmusculus.background,,,,生物使用,,,,尼特
系统要求
增强
URL
取决于我 pwmenrich.dmelanogaster.background,,,,pwmenrich.hsapiens.background,,,,pwmenrich.mmusculus.background
进口我
建议我 rtrm
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 pwmenrich_4.20.0.tar.gz
Windows二进制 pwmenrich_4.20.0.zip
Mac OS X 10.11(El Capitan) pwmenrich_4.20.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/pwmenrich
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/pwmenrich
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/pwmenrich/
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