校长
doi：10.18129/b9.bioc.outrider
该包适用于生物导体的3.9版；对于稳定的最新版本，请参阅校长。
拆卸器 - RNA -seq Finder的离群值
生物导体版本：3.9
RNA-seq数据中异常基因表达的鉴定。读取计数期望是由自动编码器建模的，以控制数据中的混杂因素。鉴于这些期望，假定RNA-Seq读数计数遵循基因特异性分散体的负二项式分布。然后将离群值确定为读取该分布的读数计数。此外，Outer提供了有用的绘图功能来分析和可视化结果。
作者：Felix Brechtmann [Aut]，Christian Mertes [Aut，Cre]，Agne Matuseviciute [aut]，Michaela FeeMüller[CTB]，Vicente Yepez [aut]，Julien Gagneur [aut]
维护者：Christian Mertes
引用（从r内，输入引用（“拆卸器”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.6”）并输入：
if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ untrider”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
Browsevignettes（“ Outer”）
| R脚本 | Outer：RNA-Seq Finder中的离群值 | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 | |
| 文本 | 执照 |
细节
| 生物浏览 | 结盟，，，，基因表达，，，，遗传学，，，，免疫学，，，，rnaseq，，，，测序，，，，软件，，，，转录组学 |
| 版本 | 1.2.4 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.8（R-3.5）（1年） |
| 执照 | 麻省理工学院 +文件许可证 |
| 要看 | r（> = 3.4），生物比较，，，，GenomicFeatures，，，，总结性特征，，，，Data.Table， 方法 |
| 进口 | bbmisc，，，，生物酶，，，，生物基因，编译器，deseq2（> = 1.16.1），基因组机，，，，GGPLOT2，grdevices，热图，，，，pheatmap，，，，GPLOTS，图形，iranges，，，，矩阵，，，，情节，，，，plyr，，，，pcamethods，，，，prroc，，，，rcolorbrewer，，，，RCPP，，，，S4VECTORS，，，，秤，花键，统计，utils |
| 链接 | RCPP，，，，rcpparmadillo |
| 建议 | 测试，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，生物使用，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg19，，，，org.hs.eg.db，，，，rmariaDB，，，，AnnotationDbi，，，，蜜蜂，，，，COVR |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | https://github.com/gagneurlab/outrider |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | Outer_1.2.4.tar.gz |
| Windows二进制 | Outer_1.2.4.zip |
| Mac OS X 10.11（El Capitan） | Outer_1.2.4.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/outrider |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：包装/拆卸器 |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/outrider/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
