该包适用于生物导体的3.9版;对于稳定的最新版本,请参阅OMICSPCA。
生物导体版本:3.9
OMICSPCA是一种分析管道,旨在整合对各种受试者(例如细胞系,个体),治疗方法(例如疾病/对照)或时间点进行的多功能实验,并从各种角度和角度分析此类综合数据。在其核心OMICSPCA中,使用主组件分析(PCA)来整合来自各种来源的多组学实验,因此具有通过使用插入数据作为代表来超越数据不足问题的能力。OMICSPCA可用于各种应用,包括分析各种样本 /个体 /时间点上OMICS分析的总体分布;按用户定义的条件分组测定;识别变异源,测定法,变量或个体之间的相似性/差异。
作者:Subhadeep Das [AUT,CRE],Susteeta Tripathy博士[CTB]
维护者:subhadeep das
引用(从r内,输入引用(“ OmicsPCA”)
):
要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.6”)并输入:
if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ omicspca”)
对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放。
要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:
Browsevignettes(“ OmicsPCA”)
html | R脚本 | OMICSPCA |
参考手册 | ||
文本 | 消息 |
生物浏览 | 生物问题,,,,生物医学信息学,,,,聚类,,,,datarepresentation,,,,维度,,,,表观遗传学,,,,表观遗传学,,,,功能基因组学,,,,GUI,,,,遗传因素,,,,免疫学,,,,多重组合,,,,委托人,,,,Singlecell,,,,软件,,,,转录,,,,可视化,,,,工作流程 |
版本 | 1.2.0 |
在生物导体中 | Bioc 3.8(R-3.5)(1年) |
执照 | GPL-3 |
要看 | r(> = 3.5.0),OMICSPCADATA |
进口 | Helloranges,,,,FPC,统计多亚sayExexperiment,,,,pdftools,方法,grdevices,utils,clvalid,,,,nbclust,,,,牛仔图,,,,rmarkDown,,,,KableExtra,,,,rtracklayer,,,,iranges,,,,GenomeInfodB,,,,RESHAPE2,,,,GGPLOT2,,,,事实,,,,RGL,,,,Corrplot,,,,大量的,图形,Factominer,,,,表演,,,,花花公子,,,,Data.Table,,,,簇,,,,魔术 |
链接 | |
建议 | 尼特,,,,运行,,,,生物基因 |
系统要求 | |
增强 | |
URL | |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
源包 | OMICSPCA_1.2.0.TAR.GZ |
Windows二进制 | OMICSPCA_1.2.0.ZIP |
Mac OS X 10.11(El Capitan) | OMICSPCA_1.2.0.TGZ |
源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/omicspca |
源存储库(开发人员访问) | git clone git@git.bioconductor.org:packages/omicspca |
包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/omicspca/ |
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