OMICSPCA

doi:10.18129/b9.bioc.omicspca

该包适用于生物导体的3.9版;对于稳定的最新版本,请参阅OMICSPCA

用于定量整合和分析多种OMICS分析的R包装

生物导体版本:3.9

OMICSPCA是一种分析管道,旨在整合对各种受试者(例如细胞系,个体),治疗方法(例如疾病/对照)或时间点进行的多功能实验,并从各种角度和角度分析此类综合数据。在其核心OMICSPCA中,使用主组件分析(PCA)来整合来自各种来源的多组学实验,因此具有通过使用插入数据作为代表来超越数据不足问题的能力。OMICSPCA可用于各种应用,包括分析各种样本 /个体 /时间点上OMICS分析的总体分布;按用户定义的条件分组测定;识别变异源,测定法,变量或个体之间的相似性/差异。

作者:Subhadeep Das [AUT,CRE],Susteeta Tripathy博士[CTB]

维护者:subhadeep das

引用(从r内,输入引用(“ OmicsPCA”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.6”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ omicspca”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“ OmicsPCA”)

html R脚本 OMICSPCA
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 生物问题,,,,生物医学信息学,,,,聚类,,,,datarepresentation,,,,维度,,,,表观遗传学,,,,表观遗传学,,,,功能基因组学,,,,GUI,,,,遗传因素,,,,免疫学,,,,多重组合,,,,委托人,,,,Singlecell,,,,软件,,,,转录,,,,可视化,,,,工作流程
版本 1.2.0
在生物导体中 Bioc 3.8(R-3.5)(1年)
执照 GPL-3
要看 r(> = 3.5.0),OMICSPCADATA
进口 Helloranges,,,,FPC,统计多亚sayExexperiment,,,,pdftools,方法,grdevices,utils,clvalid,,,,nbclust,,,,牛仔图,,,,rmarkDown,,,,KableExtra,,,,rtracklayer,,,,iranges,,,,GenomeInfodB,,,,RESHAPE2,,,,GGPLOT2,,,,事实,,,,RGL,,,,Corrplot,,,,大量的,图形,Factominer,,,,表演,,,,花花公子,,,,Data.Table,,,,,,,,魔术
链接
建议 尼特,,,,运行,,,,生物基因
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
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构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 OMICSPCA_1.2.0.TAR.GZ
Windows二进制 OMICSPCA_1.2.0.ZIP
Mac OS X 10.11(El Capitan) OMICSPCA_1.2.0.TGZ
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/omicspca
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/omicspca
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/omicspca/
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