这个包适用于Bioconductor 3.9版;有关稳定的最新发布版本,请参见NanoStringQCPro.
Bioconductor版本:3.9
NanoStringQCPro提供了一套质量指标,可用于评估NanoString mRNA基因表达数据的质量,即识别异常值探针和异常值样本。它还为这些数据提供了不同的背景减法和归一化方法。它输出标记样本/探测的建议和易于共享的html质量控制输出。
作者:Dorothee Nickles < Nickles。dorothee at gene.com>, Thomas Sandmann < Sandmann。托马斯在gene.com>,罗伯特齐曼<齐曼。罗伯特在gene.com>,Richard Bourgon
维护者:Robert Ziman < Ziman。罗伯特在gene.com>
引文(从R内,输入引用(“NanoStringQCPro”)
):
要安装这个包,启动R(版本“3.6”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("NanoStringQCPro")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“NanoStringQCPro”)
vignetteNanoStringQCPro.pdf | ||
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | 微阵列,归一化,预处理,质量控制,ReportWriting,软件,mRNAMicroarray |
版本 | 1.16.0 |
在Bioconductor | BioC 3.1 (R-3.2)(4.5年) |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | R(>= 3.2),方法 |
进口 | AnnotationDbi(> = 1.26.0),org.Hs.eg.db(> = 2.14.0),Biobase(> = 2.24.0),knitr(> = 1.12),NMF(> = 0.20.5),RColorBrewer(> = 1.0 5),png(> = 0.1 7) |
链接 | |
建议 | roxygen2(> = 4.0.1),testthat,BiocStyle,knitr,rmarkdown |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
全靠我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
源包 | NanoStringQCPro_1.16.0.tar.gz |
Windows二进制 | NanoStringQCPro_1.16.0.zip(32位和64位) |
Mac OS X 10.11 (El Capitan) | NanoStringQCPro_1.16.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/NanoStringQCPro |
源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/NanoStringQCPro |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/NanoStringQCPro/ |
软件包下载报告 | 下载数据 |