NanoStringQCPro

DOI:10.18129 / B9.bioc.NanoStringQCPro

这个包适用于Bioconductor 3.9版;有关稳定的最新发布版本，请参见NanoStringQCPro．

NanoString mRNA基因表达数据的质量度量和数据处理方法

Bioconductor版本:3.9

NanoStringQCPro提供了一套质量指标，可用于评估NanoString mRNA基因表达数据的质量，即识别异常值探针和异常值样本。它还为这些数据提供了不同的背景减法和归一化方法。它输出标记样本/探测的建议和易于共享的html质量控制输出。

作者:Dorothee Nickles < Nickles。dorothee at gene.com>， Thomas Sandmann < Sandmann。托马斯在gene.com>，罗伯特齐曼<齐曼。罗伯特在gene.com>，Richard Bourgon

维护者:Robert Ziman < Ziman。罗伯特在gene.com>

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("NanoStringQCPro")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“NanoStringQCPro”)

PDF		vignetteNanoStringQCPro.pdf
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	微阵列，归一化，预处理，质量控制，ReportWriting，软件，mRNAMicroarray
版本	1.16.0
在Bioconductor	BioC 3.1 (R-3.2)(4.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(>= 3.2)，方法
进口	AnnotationDbi(> = 1.26.0),org.Hs.eg.db(> = 2.14.0),Biobase(> = 2.24.0),knitr(> = 1.12),NMF(> = 0.20.5),RColorBrewer(> = 1.0 5),png(> = 0.1 7)
链接
建议	roxygen2(> = 4.0.1),testthat，BiocStyle，knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	NanoStringQCPro_1.16.0.tar.gz
Windows二进制	NanoStringQCPro_1.16.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	NanoStringQCPro_1.16.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/NanoStringQCPro
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/NanoStringQCPro
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/NanoStringQCPro/
软件包下载报告	下载数据