NGScopy

DOI:10.18129 / B9.bioc.NGScopy

此包适用于Bioconductor 3.9版。此包已从Bioconductor中删除。有关最新的稳定发布版本，请参见NGScopy．

ng镜:下一代测序中拷贝数变化的检测

Bioconductor版本:3.9

NGScopy提供了检测下一代测序(NGS)中拷贝数变化的定量调用，包括全基因组测序(WGS)、全外显子组测序(WES)和靶向面板测序(TPS)。调用者可以通过染色体并行化，从而在一台计算机上使用多个处理器/核心。

作者:赵小北[aut, cre, cph]

维护者:赵小北<小北at binf.ku.dk>

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“NGScopy”)

PDF	R脚本	NGScopy:检测下一代测序中的拷贝数变化(用户指南)
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CopyNumberVariation，DNASeq，ExomeSeq，ImmunoOncology，测序，软件，TargetedResequencing，WholeGenome
版本	1.17.1
在Bioconductor	BioC 3.0 (R-3.1)(5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (>= 3.1.0)
进口	方法、并行Xmisc(>= 0.2.1)， rbamtools (>= 2.6.0)，changepoint(> = 2.1.1)
链接
建议	RUnit，NGScopyData，GenomicRanges
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	NGScopy_1.17.1.tar.gz
Windows二进制	NGScopy_1.17.1.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	NGScopy_1.17.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/NGScopy
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/NGScopy
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/NGScopy/
软件包下载报告	下载数据