该包适用于生物导体的3.9版;对于稳定的最新版本,请参阅NADFINDER。
生物导体版本:3.9
核仁是真核细胞中核内部的重要结构。它是将rDNA转录为rRNA和组装核糖体(又称核糖体生物发生)的部位。另外,核仁是动态枢纽,许多蛋白质穿梭并接触特定的非RDNA基因组基因局基因座。与分离的核仁(NAD-SEQ)相关的DNA的深层测序分析表明,特定的基因座称为核仁 - 相关结构域(NADS),形成与核仁的三维相关性。NAD-SEQ已用于研究NAD的生物学功能和胚胎干细胞(ESC)分化过程中NAD分布的动力学。在这里,我们开发了一种生物处理程序包NADFINDER,用于对NAD-SEQ数据的生物信息学分析,包括标准化,平滑,峰值调用,峰值修剪和注释。
作者:Jianhong OU,Haibo Liu,Jun Yu,HervéPagès,Paul Kaufman,Lihua Julie Zhu
维护者:jianhong ou
引用(从r内,输入引用(“ nadfinder”)
):
要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.6”)并输入:
if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ nadfinder”)
对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放。
要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:
Browsevignettes(“ nadfinder”)
html | R脚本 | nadfinder.html |
参考手册 | ||
文本 | 消息 |
生物浏览 | dnaseq,,,,结肠管制,,,,峰值探测,,,,测序,,,,软件 |
版本 | 1.8.1 |
在生物导体中 | Bioc 3.5(R-3.4)(2。5年) |
执照 | GPL(> = 2) |
要看 | r(> = 3.4),生物基因,,,,iranges,,,,基因组机,,,,S4VECTORS,,,,总结性特征 |
进口 | 图形,方法,基线,,,,信号,,,,基因组签名,,,,GenomeInfodB,,,,rtracklayer,,,,林玛,,,,TrackViewer,统计,utils,rsamtools,,,,代码,,,,经验棕色,,,,atacseqqc,,,,Corrplot,,,,CSAW |
链接 | |
建议 | 运行,,,,生物使用,,,,尼特,,,,bsgenome.mmusculus.ucsc.mm10,,,,测试,,,,生物管理器 |
系统要求 | |
增强 | |
URL | |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
源包 | nadfinder_1.8.1.tar.gz |
Windows二进制 | nadfinder_1.8.1.zip |
Mac OS X 10.11(El Capitan) | nadfinder_1.8.1.tgz |
源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/nadfinder |
源存储库(开发人员访问) | git clone git@git.bioconductor.org:packages/nadfinder |
包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/nadfinder/ |
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