NADFINDER

doi:10.18129/b9.bioc.nadfinder

该包适用于生物导体的3.9版;对于稳定的最新版本,请参阅NADFINDER

调用宽峰进行测序数据

生物导体版本:3.9

核仁是真核细胞中核内部的重要结构。它是将rDNA转录为rRNA和组装核糖体(又称核糖体生物发生)的部位。另外,核仁是动态枢纽,许多蛋白质穿梭并接触特定的非RDNA基因组基因局基因座。与分离的核仁(NAD-SEQ)相关的DNA的深层测序分析表明,特定的基因座称为核仁 - 相关结构域(NADS),形成与核仁的三维相关性。NAD-SEQ已用于研究NAD的生物学功能和胚胎干细胞(ESC)分化过程中NAD分布的动力学。在这里,我们开发了一种生物处理程序包NADFINDER,用于对NAD-SEQ数据的生物信息学分析,包括标准化,平滑,峰值调用,峰值修剪和注释。

作者:Jianhong OU,Haibo Liu,Jun Yu,HervéPagès,Paul Kaufman,Lihua Julie Zhu

维护者:jianhong ou ,lihua julie zhu

引用(从r内,输入引用(“ nadfinder”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.6”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ nadfinder”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“ nadfinder”)

html R脚本 nadfinder.html
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 dnaseq,,,,结肠管制,,,,峰值探测,,,,测序,,,,软件
版本 1.8.1
在生物导体中 Bioc 3.5(R-3.4)(2。5年)
执照 GPL(> = 2)
要看 r(> = 3.4),生物基因,,,,iranges,,,,基因组机,,,,S4VECTORS,,,,总结性特征
进口 图形,方法,基线,,,,信号,,,,基因组签名,,,,GenomeInfodB,,,,rtracklayer,,,,林玛,,,,TrackViewer,统计,utils,rsamtools,,,,代码,,,,经验棕色,,,,atacseqqc,,,,Corrplot,,,,CSAW
链接
建议 运行,,,,生物使用,,,,尼特,,,,bsgenome.mmusculus.ucsc.mm10,,,,测试,,,,生物管理器
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 nadfinder_1.8.1.tar.gz
Windows二进制 nadfinder_1.8.1.zip
Mac OS X 10.11(El Capitan) nadfinder_1.8.1.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/nadfinder
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/nadfinder
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/nadfinder/
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