MotIV

DOI:10.18129 / B9.bioc.MotIV

这个包是3.9版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅MotIV。

主题识别和验证

Bioconductor版本:3.9

这个包利用邮票图案的比较一组给定的数据库(例如JASPAR)。它还可以用于可视化主题,主题分布,模块和滤波器图案。

作者:以罗伊Mercier、拉斐尔Gottardo

维护人员:以罗伊Mercier < emercier bcgsc。ca >,拉斐尔Gottardo < rgottard fhcrc.org >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“MotIV”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“MotIV”)

PDF	R脚本	MotIV用户指南
PDF		参考手册

细节

biocViews	ChIPSeq,ChIPchip,GenomicSequence,微阵列,MotifAnnotation,软件
版本	1.40.0
Bioconductor自	BioC 2.6 (r - 2.11)(9.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 2.10),BiocGenerics(> = 0.1.0)
进口	图形、网格、方法S4Vectors,IRanges(> = 1.13.5),Biostrings(> = 1.24.0),晶格,rGADEM,跑龙套
链接
建议	rtracklayer
SystemRequirements	GNU科学图书馆> = 1.6 (http://www.gnu.org/software/gsl/)
增强了
URL
取决于我	motifStack
进口我	TCGAWorkflow
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	MotIV_1.40.0.tar.gz
Windows二进制	MotIV_1.40.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	MotIV_1.40.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MotIV
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ MotIV
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/MotIV/
包下载报告	下载数据