modstrings

doi:10.18129/b9.bioc.modstrings

该包适用于生物导体的3.9版;对于稳定的最新版本,请参阅modstrings

实施生物弦来与含有修饰核苷酸的核苷酸序列配合使用

生物导体版本:3.9

代表核苷酸序列中的核苷酸修饰通常是通过来自多个来源的特殊特征完成的。这代表了在R和BioStrings软件包中使用的挑战。MODSTRINGS软件包通过内部翻译角色来实现RNA和包含修饰核苷酸的DNA序列的这种功能性,以便与生物弦套件的基础结构一起使用。为此,尽管存在编码问题,但Modrnastring和moddnastring类以及派生和函数以构建和修改这些对象。此外,还实施了从序列到列表等列表(以及反向操作)的转换。

作者:Felix G.M.恩斯特[aut,cre],Denis L.J. LaFontaine [CTB,FND]

维护者:Felix G.M.ernst

引用(从r内,输入引用(“ ModStrings”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.6”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ modStrings”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“ ModStrings”)

html R脚本 modstrings
html R脚本 ModStrings-DNA-Alphabet
html R脚本 ModStrings-RNA-Alphabet
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 DataImport,,,,datarepresentation,,,,基础设施,,,,测序,,,,软件
版本 1.0.3
在生物导体中 Bioc 3.9(R-3.6)(<6个月)
执照 艺术2.0
要看 r(> = 3.6),生物弦(> = 2.51.5)
进口 方法,断言的,,,,生物基因,,,,基因组机,,,,S4VECTORS,,,,iranges,,,,xvector,,,,Stringi,,,,Stringr
链接
建议 生物使用,,,,尼特,,,,rmarkDown,,,,测试,,,,用这个
系统要求
增强
URL
BugReports https://github.com/felixernst/modstrings/issues
取决于我 Trnadbimport
进口我 tRNA
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 modStrings_1.0.3.tar.gz
Windows二进制 modStrings_1.0.3.zip
Mac OS X 10.11(El Capitan) modStrings_1.0.3.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/modstrings
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/modstrings
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/modstrings/
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