这个包是3.9版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅MetaboSignal。
Bioconductor版本:3.9
MetaboSignal是一个R包,允许合并、分析和定制KEGG代谢和信号通路。它是一种基于网络的方法来探测基因之间的拓扑关系(信号——或者enzymatic-genes)和代谢物,代表了一个强大的工具来调查代谢表型的遗传景观和监管网络。
作者:安德里亚Rodriguez-Martinez拉斐尔•阿亚拉约兰m . Posma安娜l .七巧板Maryam安瓦尔,杰里米·k·尼科尔森Marc-Emmanuel杜马斯
维护人员:安德里亚Rodriguez-Martinez <安德里亚。rodriguez-martinez13 imperial.ac。英国>,拉斐尔Ayala < r。在imperial.ac.uk ayala14 >
从内部引用(R,回车引用(“MetaboSignal”)
):
安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:
如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“MetaboSignal”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“MetaboSignal”)
HTML | R脚本 | MetaboSignal |
HTML | R脚本 | MetaboSignal 2:合并KEGG和额外的资源交互 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | GeneSignaling,GeneTarget,GraphAndNetwork,KEGG,网络,通路,Reactome,软件 |
版本 | 1.14.0 |
Bioconductor自 | BioC 3.4 (r - 3.3)(3年) |
许可证 | GPL-3 |
取决于 | R (> = 3.3) |
进口 | KEGGgraph,hpar,igraph,RCurl,KEGGREST,EnsDb.Hsapiens.v75、统计数据、图形,跑龙套,org.Hs.eg.db,biomaRt,AnnotationDbi,MWASTools,mygene |
链接 | |
建议 | RUnit,BiocGenerics,knitr,BiocStyle,rmarkdown |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | MetaboSignal_1.14.0.tar.gz |
Windows二进制 | MetaboSignal_1.14.0.zip(32位和64位) |
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) | MetaboSignal_1.14.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MetaboSignal |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ MetaboSignal |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/MetaboSignal/ |
包下载报告 | 下载数据 |