MSGFplus

DOI:10.18129 / B9.bioc.MSGFplus

这个包是3.9版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅MSGFplus。

R和MS-GF +之间的接口

Bioconductor版本:3.9

这个包包含函数执行肽识别使用MS-GF +算法。包包含的功能建立一个参数集的代码,并通过一个简单的GUI,以及批量运行算法,潜在的异步。

作者:托马斯·彼得森林

维护人员:林托马斯·皮德森< thomasp85 gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“MSGFplus”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“MSGFplus”)

HTML	R脚本	使用MSGFgui
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ImmunoOncology,MassSpectrometry,蛋白质组学,软件
版本	1.18.0
Bioconductor自	BioC 3.0 (r - 3.1)(5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	方法
进口	mzID,ProtGenerics
链接
建议	gWidgets,knitr,testthat
SystemRequirements	Java (> = 1.7)
增强了
URL
取决于我	蛋白质组学
进口我	MSGFgui
建议我	RforProteomics
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	MSGFplus_1.18.0.tar.gz
Windows二进制	MSGFplus_1.18.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	MSGFplus_1.18.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MSGFplus
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ MSGFplus
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/MSGFplus/
包下载报告	下载数据