MMDiff2

DOI:10.18129 / B9.bioc.MMDiff2

这个包是3.9版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅MMDiff2。

统计测试ChIP-Seq数据集

Bioconductor版本:3.9

这个包检测读浓缩概要统计上显著的差异在不同ChIP-Seq样本。利用形状差异它使用内核方法(最大的差异,多党民主运动)。

作者:Gabriele Schweikert (cre, aut),大卫·郭(aut)

维护人员:Gabriele Schweikert < gschweik在staffmail.ed.ac.uk >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“MMDiff2”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“MMDiff2”)

PDF	R脚本	介绍MMDiff2方法
PDF		参考手册

细节

biocViews	ChIPSeq,DifferentialPeakCalling,测序,软件
版本	1.12.0
Bioconductor自	BioC 3.3 (r - 3.3)(3.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.3),Rsamtools,Biobase
进口	GenomicRanges,locfit,BSgenome,Biostrings,闪亮的,ggplot2,RColorBrewer、图形、grDevices平行,S4Vectors、方法
链接
建议	MMDiffBamSubset,MotifDb,knitr,BiocStyle,BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm9
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我	MMDiffBamSubset
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	MMDiff2_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	MMDiff2_1.12.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	MMDiff2_1.12.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MMDiff2
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ MMDiff2
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/MMDiff2/
包下载报告	下载数据