Medips
doi：10.18129/b9.bioc.medips
该包适用于生物导体的3.9版；对于稳定的最新版本，请参阅Medips。
DNA IP-seq数据分析
生物导体版本：3.9
开发了MEDIP，用于分析源自甲基化DNA免疫沉淀（MEDIP）实验的数据，然后进行测序（MEDIP-SEQ）。但是，MEDIP提供了分析任何定量测序数据（例如chip-seq，mbd-seq，cms-seq等）的功能，包括计算样品组和饱和度和相关分析之间的差异覆盖率。
作者：Lukas Chavez，Matthias Lienhard，Joern Dietrich，Isaac Lopez Moyado
维护者：卢卡斯·查韦斯（Lukas Chavez）
引用（从r内，输入引用（“ MEDIPS”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.6”）并输入：
if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ medips”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
Browsevignettes（“ Medips”）
| R脚本 | Medips | |
| 参考手册 |
细节
| 生物浏览 | chipseq，，，，库务，，，，覆盖范围，，，，CPGISLAND，，，，DNAMETHYLATY，，，，差异性，，，，遗传学，，，，基因数，，，，微阵列，，，，预处理，，，，QualityControl，，，，测序，，，，测序，，，，软件，，，，可视化 |
| 版本 | 1.36.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 2.7（R-2.12）（9年） |
| 执照 | GPL（> = 2） |
| 要看 | r（> = 3.0），BSGENOME，，，，rsamtools |
| 进口 | 基因组机，，，，生物弦，图形，gtools，，，，iranges，方法，统计，utils，EDGER，，，，DNACOPIGY，，，，Biomart，，，，rtracklayer，，，，预处理 |
| 链接 | |
| 建议 | bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19，，，，Medipsdata，，，，生物使用 |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | Medips_1.36.0.tar.gz |
| Windows二进制 | medips_1.36.0.zip |
| Mac OS X 10.11（El Capitan） | Medips_1.36.0.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/medips |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：包装/medips |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/medips/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
