餐
DOI:10.18129 / B9.bioc.MEAL
这个包是3.9版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅餐。
进行甲基化分析
Bioconductor版本:3.9
包集成甲基化和表达数据。它还可以执行甲基化或单独表达分析。包括若干绘图功能以及基于冗余的一个新区域分析分析。单核苷酸多态性对一个地区的影响也可以估计。
作者:卡洛斯Ruiz-Arenas (aut (cre),胡安·r·冈萨雷斯(aut)
维护人员:卡洛斯Ruiz-Arenas < carlos.ruiz isglobal.org >
从内部引用(R,回车引用(“餐”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:
如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“餐”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes(“餐”)
| HTML | R脚本 | 表达和甲基化分析 |
| HTML | R脚本 | 甲基化分析与餐 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 | |
| 文本 | 许可证 |
细节
| biocViews | DNAMethylation,微阵列,软件,WholeGenome |
| 版本 | 1.14.0 |
| Bioconductor自 | BioC 3.2 (r - 3.2)(4年) |
| 许可证 | 艺术- 2.0 |
| 取决于 | R (> = 3.2.0),Biobase,MultiDataSet |
| 进口 | GenomicRanges,limma,DMRcate,素食主义者,BiocGenerics,minfi,IRanges,S4Vectors、方法、并行ggplot2(> = 2.0.0),交换,Gviz,missMethyl,isva,SummarizedExperiment,SmartSVA、图表、数据、跑龙套,matrixStats |
| 链接 | |
| 建议 | testthat,IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b2.hg19,IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19,knitr,minfiData,BiocStyle,rmarkdown,brgedata |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | MEAL_1.14.0.tar.gz |
| Windows二进制 | MEAL_1.14.0.zip |
| Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) | |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MEAL |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/餐 |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/MEAL/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
