MAGeCKFlute

DOI:10.18129 / B9.bioc.MAGeCKFlute

这个包是3.9版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅MAGeCKFlute。

综合分析管道汇集CRISPR功能基因屏幕

Bioconductor版本:3.9

下游MAGeCKFlute旨在我司分析,利用基因提供通过MAGeCK或MAGeCK-VISPR汇总数据。质量控制、标准化和屏幕达到识别CRISPR屏幕数据执行管道。确定管道内点击分类基于实验设计,并随后被功能富集分析。

作者:吕张、吴Feizhen宾宾王

维护人员:吕张< Watson5bZhang gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“MAGeCKFlute”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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browseVignettes (“MAGeCKFlute”)

HTML	R脚本	MAGeCKFlute.Rmd
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	BatchEffect,CRISPR,FunctionalGenomics,GeneSetEnrichment,ImmunoOncology,归一化,通路,质量控制,软件,可视化
版本	3
Bioconductor自	BioC 3.7 (r - 3.5)(1.5年)
许可证	GPL (> = 3)
取决于	R (> = 3.5),ggplot2、统计、grDevices跑龙套,gridExtra
进口	ggExtra,ggsci,ggrepel,clusterProfiler,png,data.table,pheatmap,股东价值分析,剂量,biomaRt、网格pathview
链接
建议	knitr,rmarkdown,BiocStyle,org.Mm.eg.db
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	MAGeCKFlute_1.4.3.tar.gz
Windows二进制	MAGeCKFlute_1.4.3.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	MAGeCKFlute_1.4.3.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MAGeCKFlute
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ MAGeCKFlute
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/MAGeCKFlute/
包下载报告	下载数据