萝拉
DOI:10.18129 / B9.bioc.LOLA
此包适用于Bioconductor的3.9版本;有关稳定的最新发布版本，请参见萝拉。
基因座重叠分析富集基因组范围
Bioconductor版本:3.9
提供功能，以测试基因组区域集与公共和自定义区域集(基因组范围)数据库的重叠。这使得对基因组区域集进行自动化富集分析成为可能，从而促进了功能基因组学和表观基因组学数据的解释。
作者:Nathan Sheffield
维护人员:Nathan Sheffield < Nathan at code.databio.org>
引用(从R中，输入引用(“洛拉”))：
安装
要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放。
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:
browseVignettes(“洛拉”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | 1.与洛拉开始 |
| 超文本标记语言 | R脚本 | 2.使用LOLA Core |
| 超文本标记语言 | R脚本 | 3.选择一个宇宙 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | ChIPSeq，FunctionalGenomics，GeneRegulation，GeneSetEnrichment，GenomeAnnotation，MethylSeq，测序，软件，SystemsBiology |
| 版本 | 1.14.0 |
| 在Bioconductor公司 | BioC 3.2 (R-3.2)(4年) |
| 许可证 | GPL-3 |
| 取决于 | R (>= 2.10) |
| 进口 | BiocGenerics，S4Vectors，IRanges，GenomicRanges，data.table，reshape2， utils, stats，方法 |
| 链接 | |
| 建议 | 平行,testthat，knitr，BiocStyle，rmarkdown |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | simpleCache，qvalue，ggplot2 |
| URL | http://code.databio.org/LOLA |
| BugReports | http://github.com/nsheff/LOLA |
| 全靠我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | 可可，位深蓝，米拉 |
| 给我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。
| 源包 | LOLA_1.14.0.tar.gz |
| Windows二进制 | LOLA_1.14.0.zip(32- & 64位) |
| Mac OS X 10.11 (El Capitan) | LOLA_1.14.0.tgz |
| 源库 | git clone https://git.bioconductor.org/packages/LOLA |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/LOLA |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/LOLA/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
