IntramiRExploreR

DOI:10.18129 / B9.bioc.IntramiRExploreR

这个包是3.9版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅IntramiRExploreR。

预测目标为果蝇基因内microrna

Bioconductor版本:3.9

Intra-miR-ExploreR、一个综合microRNA的目标预测生物信息学工具,识别目标结合给定microRNA的表达和生物物理交互(miR)。92年使用的工具,我们已经确定了目标基因内大鹏在d .腹,使用可用的微阵列表达数据,从数组Affymetrix 1和Affymetrix2微阵列平台,提供一个全球视角果蝇的基因内米尔目标。预测目标是根据生物功能分组使用大卫基因本体工具和排名是基于生物相关的评分系统,让用户确定功能相关的目标对于一个给定的米尔。

作者:Surajit Bhattacharya和丹尼尔·考克斯

维护人员:Surajit Bhattacharya < sbhattacharya3 student.gsu.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“IntramiRExploreR”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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browseVignettes (“IntramiRExploreR”)

HTML	R脚本	IntramiRExploreR
PDF		参考手册

细节

biocViews	GeneExpression,GenePrediction,GeneTarget,微阵列,软件,StatisticalMethod
版本	1.6.0
Bioconductor自	BioC 3.6 (r - 3.4)(2年)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 3.4)
进口	igraph(> = 1.0.1),FGNet(> = 3.0.7),knitr(> = 1.12.3)统计,跑龙套,grDevices、图形
链接
建议	RDAVIDWebService,gProfileR,topGO,KEGGprofile,org.Dm.eg.db,rmarkdown,testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/sbhattacharya3/IntramiRExploreR/
BugReports	https://github.com/sbhattacharya3/IntramiRExploreR/issues
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	IntramiRExploreR_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	IntramiRExploreR_1.6.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	IntramiRExploreR_1.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/IntramiRExploreR
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ IntramiRExploreR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/IntramiRExploreR/
包下载报告	下载数据