InterMineR

DOI:10.18129 / B9.bioc.InterMineR

这个包适用于Bioconductor 3.9版;有关稳定的最新发布版本,请参见InterMineR

R接口与intermine驱动的数据库

Bioconductor版本:3.9

基于InterMine平台的数据库,如FlyMine、modMine (modENCODE)、RatMine、YeastMine、HumanMine和TargetMine,是各种生物基因组、表达和蛋白质数据的集成数据库。集成数据使得运行复杂的数据挖掘查询成为可能,这些查询跨越了生物知识的各个领域。这个R包通过webservices提供了与这些数据库的接口。它主要利用R中的数据帧对象和数据库中的表对象的对应关系,而隐藏了通过XML或JSON进行数据交换的细节。

作者:王兵,朱莉·沙利文,瑞秋·莱恩,康斯坦蒂诺斯·基里特西斯

维护者:InterMine Team

引文(从R内,输入引用(“InterMineR”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("InterMineR")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“InterMineR”)

超文本标记语言 R脚本 富集分析与可视化
超文本标记语言 R脚本 FlyMine基因组可视化
超文本标记语言 R脚本 InterMineR装饰图案
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews AlternativeSplicingComparativeGenomicsDifferentialExpressionFunctionalGenomicsFunctionalPredictionGeneExpressionGeneRegulationGeneSetEnrichmentGenomeAnnotationGenomeWideAssociationKEGG微阵列MultipleComparison通路蛋白质组学Reactome单核苷酸多态性软件SystemsBiology可视化
版本 1.6.1
在Bioconductor BioC 3.6 (R-3.4)(2年)
许可证 LGPL
取决于 R (>= 3.4.1)
进口 BiostringsRCurlXMLxml2RJSONIOsqldfigraphhttrS4VectorsIRangesGenomicRangesSummarizedExperiment、方法
链接
建议 BiocStyleGvizknitrrmarkdownGeneAnswersGO.dborg.Hs.eg.db
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports https://github.com/intermine/intermineR/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 InterMineR_1.6.1.tar.gz
Windows二进制 InterMineR_1.6.1.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan) InterMineR_1.6.1.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/InterMineR
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/InterMineR
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/InterMineR/
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  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网