InterMineR

DOI:10.18129 / B9.bioc.InterMineR

这个包适用于Bioconductor 3.9版;有关稳定的最新发布版本，请参见InterMineR．

R接口与intermine驱动的数据库

Bioconductor版本:3.9

基于InterMine平台的数据库，如FlyMine、modMine (modENCODE)、RatMine、YeastMine、HumanMine和TargetMine，是各种生物基因组、表达和蛋白质数据的集成数据库。集成数据使得运行复杂的数据挖掘查询成为可能，这些查询跨越了生物知识的各个领域。这个R包通过webservices提供了与这些数据库的接口。它主要利用R中的数据帧对象和数据库中的表对象的对应关系，而隐藏了通过XML或JSON进行数据交换的细节。

作者:王兵，朱莉·沙利文，瑞秋·莱恩，康斯坦蒂诺斯·基里特西斯

维护者:InterMine Team

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("InterMineR")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“InterMineR”)

超文本标记语言	R脚本	富集分析与可视化
超文本标记语言	R脚本	FlyMine基因组可视化
超文本标记语言	R脚本	InterMineR装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	AlternativeSplicing，ComparativeGenomics，DifferentialExpression，FunctionalGenomics，FunctionalPrediction，去，GeneExpression，GeneRegulation，GeneSetEnrichment，GenomeAnnotation，GenomeWideAssociation，KEGG，微阵列，MultipleComparison，通路，蛋白质组学，Reactome，单核苷酸多态性，软件，SystemsBiology，可视化
版本	1.6.1
在Bioconductor	BioC 3.6 (R-3.4)(2年)
许可证	LGPL
取决于	R (>= 3.4.1)
进口	Biostrings，RCurl，XML，xml2，RJSONIO，sqldf，igraph，httr，S4Vectors，IRanges，GenomicRanges，SummarizedExperiment、方法
链接
建议	BiocStyle，Gviz，knitr，rmarkdown，GeneAnswers，GO.db，org.Hs.eg.db
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/intermine/intermineR/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	InterMineR_1.6.1.tar.gz
Windows二进制	InterMineR_1.6.1.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	InterMineR_1.6.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/InterMineR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/InterMineR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/InterMineR/
软件包下载报告	下载数据