感兴趣

DOI:10.18129 / B9.bioc.IntEREst

这个包适用于Bioconductor 3.9版;有关稳定的最新发布版本，请参见感兴趣．

内含子-外显子保留估计器

Bioconductor版本:3.9

该软件包对RNA-seq数据进行内含子-外显子保留分析(。bam文件)。

作者:Ali Oghabian ，达里奥·格列柯<达里奥。格列柯在赫尔辛基。fi>， Mikko Frilander

维护者:Ali Oghabian ， Mikko Frilander

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("IntEREst")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“利益”)

超文本标记语言	R脚本	兴趣，内含子外显子保留估计器
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐，AlternativeSplicing，报道，DifferentialExpression，DifferentialSplicing，ImmunoOncology，归一化，RNASeq，测序，软件
版本	1.8.0
在Bioconductor	BioC 3.5 (R-3.4)(2.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (>= 3.4)，GenomicRanges，Rsamtools，SummarizedExperiment，刨边机，S4Vectors
进口	seqLogo，Biostrings，GenomicFeatures，IRanges，seqinr，图形，grDevices，统计，utils，网格，方法，DBI，RMySQL，GenomicAlignments，BiocParallel，BiocGenerics，DEXSeq，DESeq2
链接
建议	clinfun，knitr，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	IntEREst_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	IntEREst_1.8.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	IntEREst_1.8.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/IntEREst
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/IntEREst
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/IntEREst/
软件包下载报告	下载数据