冲动2

doi：10.18129/b9.bioc.impulsede2

该包适用于生物导体的3.9版；对于稳定的最新版本，请参阅冲动2。

纵向计数数据集的差分表达分析

生物导体版本：3.9

Impulsede2是纵向计数数据集的差分表达算法，在测序实验中产生，例如RNA-SEQ，CHIP-SEQ，ATAC-SEQ和DNASEI-SEQ。Impulsede2基于DESEQ2分散趋势平滑的负二项式噪声模型，并使用脉冲模型来限制每个基因的平均表达轨迹。从经验上发现，脉冲模型符合环境和发育刺激后细胞中的全球表达变化，因此在大多数细胞生物学方面都是合适的。对平均表达轨迹的约束阻止过度适应小表达波动。其次，Impulsede2比总体线性模型的差异表达算法具有更高的统计测试能力，如果由于固定数量的参数数量，将超过六个时间点被采样，该算法将适合时间作为类别变量。

作者：David S Fischer [AUT，CRE]，Fabian J Theis [CTB]，Nir Yosef [CTB]

维护者：David S Fischer

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.6”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ impulsede2”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ Impulsede2”）

html	R脚本	Impulsede2 Vignette
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	蜂窝基，，，，细胞生物学，，，，差异性，，，，基因表达，，，，免疫学，，，，测序，，，，软件，，，，统计信息，，，，时间科
版本	1.8.0
在生物导体中	Bioc 3.5（R-3.4）（2。5年）
执照	艺术2.0
要看
进口	生物酶，，，，生物比较，，，，复杂的图像，，，，循环，编译器，牛仔图，，，，deseq2，，，，GGPLOT2，grdevices，尼特，，，，矩阵， 方法，S4VECTORS，统计总结性特征，UTILS
链接
建议
系统要求
增强
URL
BugReports	https://github.com/yoseflab/impulsede2/issues
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构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	Impulsede2_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	Impulsede2_1.8.0.zip（32-和64位）
Mac OS X 10.11（El Capitan）	Impulsede2_1.8.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/impulsede2
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/脉冲2
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/impulsede2/
软件包下载报告	下载统计