HiCBricks

DOI:10.18129 / B9.bioc.HiCBricks

这个包适用于Bioconductor 3.9版;有关稳定的最新发布版本，请参见HiCBricks．

通过HDF文件存储和访问Hi-C数据的框架

Bioconductor版本:3.9

通过HDF文件存储和访问高分辨率Hi-C数据的灵活框架。HiCBricks允许通过各种格式(如2D矩阵格式或通用n列表格式)导入Hi-C数据。在访问方面，HiCBricks提供了从相隔一定距离的基因组位点检索值的功能，或使用相似词获取矩阵子集的能力。HiCBricks稍后将提供使用更少的调用获取多个矩阵子集的能力。它提供了存储可能与特定Hi-C实验相关的GenomicRanges的能力，可以与Hi-C实验相关的ranges对象进行基本范围重叠(任何范围内)，还可以存储用户可能认为与Hi-C实验相关的任何元数据。最后，你可以用LSD做TAD呼叫，并创建漂亮的热图。

作者:Koustav Pal [aut, cre]， Carmen Livi [ctb]， Ilario Tagliaferri [ctb]

维护者:Koustav Pal < Koustav。朋友在ifom.eu>

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("HiCBricks")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“HiCBricks”)

超文本标记语言	R脚本	IntroductionToHiCBricks.html
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	DataImport，嗝，基础设施，测序，软件，技术
版本	1.2.0
在Bioconductor	BioC 3.8 (R-3.5)(1年)
许可证	MIT +文件许可
取决于	R (>= 3.5)， utils，旋度，rhdf5，R6、网格
进口	ggplot2，冬青，RColorBrewer，尺度，reshape2，stringr，data.table，GenomeInfoDb，GenomicRanges统计数据,IRangesgrDevices,S4Vectors，消化
链接
建议	BiocStyle，knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	HiCBricks_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	HiCBricks_1.2.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	HiCBricks_1.2.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/HiCBricks
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/HiCBricks
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/HiCBricks/
软件包下载报告	下载数据