HTqPCR

DOI:10.18129 / B9.bioc.HTqPCR

这个包是3.9版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅HTqPCR。

高通量qPCR数据的自动化分析

Bioconductor版本:3.9

从高通量分析Ct值定量实时PCR (qPCR)化验跨多个条件或复制。输入数据可以从spatially-defined格式(ABI TaqMan低密度阵列或OpenArray;LightCycler罗氏应用科学;排名板从Bio-Rad实验室;传统的96或384孔板;或微流控设备,如动态数组Fluidigm公司。HTqPCR处理数据加载、质量评估、标准化、可视化和参数或非参数测试的统计学意义的Ct值之间的特性(如基因、小分子核糖核酸)。

作者:海蒂Dvinge,保罗·伯顿

维护人员:海蒂Dvinge < hdvinge fredhutch.org >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“HTqPCR”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“HTqPCR”)

PDF	R脚本	qPCR分析R
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport,DifferentialExpression,GeneExpression,MicrotitrePlateAssay,MultipleComparison,预处理,质量控制,软件,可视化,qPCR
版本	1.38.0
Bioconductor自	BioC 2.5 (r - 2.10)(10年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	Biobase,RColorBrewer,limma
进口	affy,Biobase,gplots、图形、grDeviceslimma、方法、RColorBrewer、统计、stats4跑龙套
链接
建议	statmod
SystemRequirements
增强了
URL	http://www.ebi.ac.uk/bertone/software
取决于我
进口我	nondetects,unifiedWMWqPCR
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	HTqPCR_1.38.0.tar.gz
Windows二进制	HTqPCR_1.38.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	HTqPCR_1.38.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/HTqPCR
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ HTqPCR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/HTqPCR/
包下载报告	下载数据