HTSeqGenie

DOI:10.18129 / B9.bioc.HTSeqGenie

这个包是3.9版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅HTSeqGenie。

一个门店分析管道。

Bioconductor版本:3.9

库执行门店分析。

作者:格雷戈勒加索尔,延斯•里德

维护人员:Jens里德<里德。jens gene.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“HTSeqGenie”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“HTSeqGenie”)

PDF	R脚本	HTSeqGenie
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	软件
版本	4.14.0
Bioconductor自	BioC 2.11 (r - 2.15)(7年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.0.0),gmapR(> = 1.8.0),ShortRead(> = 1.19.13),VariantAnnotation(> = 1.8.3)
进口	BiocGenerics(> = 0.2.0),S4Vectors(> = 0.9.25),IRanges(> = 1.21.39),GenomicRanges(> = 1.23.21),Rsamtools于(> = 1.8.5),Biostrings(> = 2.24.1),chipseq(> = 1.6.1),hwriter(1.3.0 > =版本),开罗(> = 1.5.5),GenomicFeatures(> = 1.9.31),BiocParallel、平行、工具rtracklayer(> = 1.17.19),GenomicAlignments,VariantTools(> = 1.7.7),GenomeInfoDb,SummarizedExperiment、方法
链接
建议	TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,LungCancerLines,org.Hs.eg.db
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	HTSeqGenie_4.14.0.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/HTSeqGenie
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ HTSeqGenie
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/HTSeqGenie/
包下载报告	下载数据