HTSanalyzeR

DOI:10.18129 / B9.bioc.HTSanalyzeR

这个包适用于Bioconductor 3.9版;有关稳定的最新发布版本，请参见HTSanalyzeR．

高通量筛选的基因集过度表达、富集和网络分析

Bioconductor版本:3.9

该软件包提供了在高通量屏幕上进行基因集过度表示、富集和网络分析的类和方法。基于超几何检验进行了过度表征分析。富集分析基于GSEA算法(Subramanian et al。PNAS 2005)。网络分析基于BioNet包的算法识别丰富的子网络(Beisser等人，生物信息学2010年)。还专门为cellHTS2对象设计了一个管道，以执行高通量RNA干扰筛选的综合网络分析。用户可以基于这个包为自己的数据集构建自己的分析管道。

作者:王欣， Camille Terfve ，约翰C.罗斯， Florian Markowetz

维护者:Xin Wang

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("HTSanalyzeR")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“HTSanalyzeR”)

PDF	R脚本	主要插图:利用HTSanalyzeR对高通量RNAi筛选数据进行基因集富集和网络分析
PDF		参考手册

细节

biocViews	CellBasedAssays，ImmunoOncology，MultipleComparison，软件
版本	2.36.0
在Bioconductor	BioC 2.7 (R-2.12)(9年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 2.15)，igraph、方法
进口	图，igraph，GSEABase，生命网络，cellHTS2，AnnotationDbi，biomaRt，RankProd
链接
建议	KEGG.db，GO.db，org.Dm.eg.db，GOstats，org.Ce.eg.db，org.Mm.eg.db，org.Rn.eg.db，org.Hs.eg.db，雪
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我	Mulder2012，phenoTest
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	HTSanalyzeR_2.36.0.tar.gz
Windows二进制	HTSanalyzeR_2.36.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	HTSanalyzeR_2.36.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/HTSanalyzeR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/HTSanalyzeR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/HTSanalyzeR/
软件包下载报告	下载数据