HMMcopy

DOI:10.18129 / B9.bioc.HMMcopy

这个包是3.9版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅HMMcopy。

拷贝数预测与GC和高温超导mappability偏差校正数据

Bioconductor版本:3.9

纠正GC和readcounts mappability偏见(即覆盖)在非重叠窗口固定长度的单全基因组样本,产生一个粗略的估计的拷贝数进行进一步分析。设计快速校正的高覆盖率全基因组肿瘤和正常样本。

作者:丹尼尔·赖加文·哈,索拉博沙

维护人员:丹尼尔赖在bccrc <达赖。ca >,索拉博沙< sshah在bccrc.ca >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“HMMcopy”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“HMMcopy”)

PDF	R脚本	HMMcopy
PDF		参考手册

细节

biocViews	CopyNumberVariation,微阵列,预处理,测序,软件,可视化
版本	1.26.0
Bioconductor自	BioC 2.11 (r - 2.15)(7年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 2.10.0),IRanges(> = 1.4.16),geneplotter(> = 1.24.0)
进口
链接
建议
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我	qsea
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	HMMcopy_1.26.0.tar.gz
Windows二进制	HMMcopy_1.26.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	HMMcopy_1.26.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/HMMcopy
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ HMMcopy
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/HMMcopy/
包下载报告	下载数据