HDF5Array

DOI:10.18129 / B9.bioc.HDF5Array

这个包是3.9版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅HDF5Array。

HDF5 DelayedArray对象的后端

Bioconductor版本:3.9

实现了HDF5Array和TENxMatrix类2方便和节约内存数组类HDF5的磁盘上表示数据集的容器。HDF5Array是使用传统的数据集(即密度)HDF5表示。TENxMatrix使用HDF5-based稀疏矩阵表示的是数据集从10 x基因(如130万脑细胞数据集)。这两个集装箱被DelayedArray扩展,支持所有操作支持DelayedArray对象。这些操作可以是推迟或block-processed。

作者:Herve页面

维修工:Herve页< hpages fredhutch.org >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“HDF5Array”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释,报道,DataImport,DataRepresentation,GenomeAnnotation,ImmunoOncology,基础设施,RNASeq,测序,SingleCell,软件
版本	1.12.3
Bioconductor自	BioC 3.3 (r - 3.3)(3.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(> = 3.4),方法,DelayedArray(> = 0.9.3),rhdf5(> = 2.25.6)
进口	跑龙套、工具BiocGenerics(> = 0.25.1),S4Vectors,IRanges
链接	S4Vectors(> = 0.21.6),Rhdf5lib
建议	h5vcData,SummarizedExperiment(> = 1.9.6),GenomicRanges,ExperimentHub,TENxBrainData,BiocParallel,GenomicFeatures,BiocStyle
SystemRequirements	GNU使
增强了
URL
取决于我	GenoGAM,TENxBrainData,TENxPBMCData
进口我	bsseq,clusterExperiment,curatedTCGAData,DelayedMatrixStats,DropletUtils,HCAData,LoomExperiment,minfi,netSmooth,scmeth
建议我	BiocSklearn,DelayedArray,mbkmeans,MultiAssayExperiment,食物,SummarizedExperiment
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	HDF5Array_1.12.3.tar.gz
Windows二进制	HDF5Array_1.12.3.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	HDF5Array_1.12.3.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/HDF5Array
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ HDF5Array
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/HDF5Array/
包下载报告	下载数据